DNA甲基化是一種被廣泛研究的表觀遺傳修飾方式，與組蛋白修飾等方式一起，在調(diào)控基因表達(dá)和染色質(zhì)構(gòu)象等方面發(fā)揮了重要作用。通常地，甲基化DNA指5...
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表觀遺傳學(xué): DNA甲基化 -
MethyIC-Seq是什么？和BS-Seq的關(guān)系是什么？
從根本上說(shuō)，MethylC-Seq技術(shù)實(shí)際上就是Bisulfite Sequencing (BS-Seq)方法的優(yōu)化版本?；蛘哒劜簧蟽?yōu)化，個(gè)人理...
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群體遺傳學(xué)親緣關(guān)系分析親緣關(guān)系分析實(shí)操 前期準(zhǔn)備 給標(biāo)記加上ID SNP data通常都是以VCF格式文件呈現(xiàn)，拿到VCF文件的第一件事情就是添加各個(gè)SNP位點(diǎn)的ID...
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vcftools
vcftools是一種可以對(duì)VCF文件和BCF文件進(jìn)行格式轉(zhuǎn)換及過(guò)濾的工具，其中很多過(guò)濾及計(jì)算功能我們可以自己使用perl或者python編寫(xiě)腳...
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GWAS之表型最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè)（BLUP)與遺傳力計(jì)算表型分析之最優(yōu)無(wú)偏預(yù)測(cè) 最佳線性無(wú)偏預(yù)測(cè)（Best Linear Unbiased Prediction，簡(jiǎn)稱BLUP）可以對(duì)多環(huán)境數(shù)據(jù)進(jìn)行整合...
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關(guān)于SNP的過(guò)濾（1）：如何使用vcftools進(jìn)行SNP過(guò)濾
前言 很多關(guān)注我這個(gè)專題的朋友都在后臺(tái)留言，說(shuō)想了解更多關(guān)于SNP過(guò)濾的東西。是的，確實(shí)這是一個(gè)比較重要的問(wèn)題。第一，過(guò)濾到一些低質(zhì)量的SNP可...
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甲基化套路和甲基化有關(guān)的?？梢韵攘私庀录谆?50k甲基化基礎(chǔ)450K甲基化芯片數(shù)據(jù)處理傳送門(mén)450k甲基化芯片常用工具包：ChAMP和minfi等。 ...
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基因注釋
前情提要 搞NGS，注釋文件是我們經(jīng)常需要用到的。但是不同的實(shí)驗(yàn)室偏愛(ài)的數(shù)據(jù)庫(kù)各不相同，甚至同一個(gè)課題組的小伙伴都會(huì)選擇不同來(lái)源的數(shù)據(jù)庫(kù)。那么不...
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「聚類分析」16聚類分析之KMeans算法與K中心點(diǎn)算法1.聚類 聚類屬于無(wú)監(jiān)督式學(xué)習(xí)。在無(wú)監(jiān)督式學(xué)習(xí)中，訓(xùn)練樣本的標(biāo)記信息是未知的，算法通過(guò)對(duì)無(wú)標(biāo)記樣本的學(xué)習(xí)來(lái)揭示蘊(yùn)含于數(shù)據(jù)中的性質(zhì)和規(guī)律。聚類算法...
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[富集分析] 2、clusterprofile富集分析--上游分析1、富集分析的背景知識(shí) - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)[http://m.itdecent.cn/p/0b938d0e652c]2、...
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