傾向性評分匹配（propensity score matching, PSM）主要是在隨機對照試驗(Randomized controlled ...
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傾向性評分匹配完整實例（R實現(xiàn)） -
隨機森林分析第一波隨機森林分析在宏基因組數(shù)據(jù)分析中還是蠻常見的，所以這里整理一個常規(guī)的分析案例 1 | 數(shù)據(jù)準備 1.1 菌群數(shù)據(jù) 1.2 樣品信息數(shù)據(jù) 2 | ...
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用隨機森林算法進一步篩選差異表達基因前言 很多時候，我們分析完差異表達基因后，發(fā)現(xiàn)會得到一大堆差異基因，常見的做法有降低Pvalue的閾值，挑選fold-change最大的基因，做...
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「r<-包」使用 ezcox 展示森林圖我之前寫過一篇文章介紹最近寫的一個包 ezcox，它可以用來進行批量處理 Cox 模型（支持并行計算）。那個時候我已經(jīng)關注到了 forestmo...
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mlr案例：回歸
原英文地址：https://mlr.mlr-org.com/articles/tutorial/usecase_regression.html ...
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SMOTE算法
SMOTE（Synthetic Minority Oversampling Technique），合成少數(shù)類過采樣技術．它是基于隨機過采樣算法的...
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2 SVM（支持向量機法）vs 線性回歸+ROC曲線step1 線性回歸ROC與AUC的實現(xiàn) 這是計算affair的一個數(shù)據(jù)集 step2 繪圖強大的一個包——pROC 雖然ROCR包可以滿足我們...
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機器學習：常用模型評估指標在機器學習建模過程中，針對不同的問題，需采用不同的模型評估指標。 一、分類模型評估指標： 1、混淆矩陣（Confusion Matrix） 2、...
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TMB(腫瘤突變負荷) panel基因篩選TMB背景知識介紹 免疫療法是近年來腫瘤治療的熱點，腫瘤突變負荷(Tumor Mutational Burden，TMB)可以作為免疫療法的bi...
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機器學習幫助識別乳腺癌診斷和分子分型的生物標記物
摘要： 乳腺癌是一種復雜的疾病，其有效治療需要負擔得起的診斷和分型特征。雖然機器學習方法在臨床計算生物學中的使用仍處于起步階段，但鑒定分子生物標...
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