一. 簡介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP檢測的軟件，可以通過分析得到核心...
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八. SNP檢測和進化分析（Snippy）
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植物基因組學-fastp進行高通量測序數據的質控對于各位小伙伴來說，無論是自己獨立進行高通量測序數據分析，還是解讀公司的測序結果，一個必須要面對的情況就是高通量測序數據的質量控制，又稱Qual...
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一文讀懂進化樹（圖文詳解）一、什么是進化樹 系統發(fā)育進化樹 (Phylogenetic tree)：** 一般也叫系統進化樹，進化樹。它可以利用樹狀分支圖形來表示各物種或...
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在linux中構建基因進化樹
首先利用muscle進行多序列比對：“muscle -in 序列文件.fasta -out 輸出的比對結果文件.fasta”。 再利用raxml...
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Phylogenomic_Tutorial || ML_Tree inferenceGithub/mmatschiner的phylogenetic & phylogenomic學習教程記錄【一】多序列比對；核算替換模型的選擇；最...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構建進化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經有很長一段時間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是，常用的快速構建ML樹的軟件是FastTree，如果要求準...
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【生信課程】04-分子進化與系統發(fā)生-山東大學-生物信息學分子進化與系統發(fā)生 進化的故事：拉馬克與用進廢退 拉馬提出進廢退理論。他說生物經常使用的器官會逐漸發(fā)達，不經常使用的器官會逐漸退化。而且這種后天...
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進化樹軟件iqtree升級至2.0！自2015年文章正式發(fā)表以來，iqtree以其快速精準的建樹和全面的功能在競爭激烈的系統發(fā)育樹（phylogenetics）領域快速躥紅，并廣受...
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IQ-TREE最大似然法構建系統發(fā)育樹的神器IQ-TREE：最大似然法構建精確、快速、靈活、廣泛的系統發(fā)育樹 IQ-TREE自2011年就已經開發(fā)并開源，至今都有專業(yè)團隊維護，其名字來源于...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2開始陸續(xù)更新，文章已經投發(fā)到biorkix上，在網上搜了一圈，關于Orthofinder的使用的中文教程幾乎是空白的...
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