Processes

在Nextflow中，process 是執(zhí)行用戶腳本的基本處理primitive。

進程定義以關(guān)鍵字 process開始，接著是進程名，最后是用花括號分隔的進程體。進程主體必須包含一個表示命令的字符串，或者，包含由它執(zhí)行的腳本?；玖鞒倘缦吕?

process sayHello {

    """
    echo 'Hello world!' > file
    """

}

一個流程可以包含五個定義塊，分別是:指令、輸入、輸出、when從句和流程腳本。語法定義如下：

process < name > {

   [ directives ]

   input:
    < process inputs >

   output:
    < process outputs >

   when:
    < condition >

   [script|shell|exec]:
   < user script to be executed >

}

Script

script塊是一個字符串語句，它定義了進程執(zhí)行任務時所執(zhí)行的命令。

一個進程包含且僅包含一個script塊，當進程包含輸入和輸出聲明時，它必須是最后一條語句。

輸入的字符串在host系統(tǒng)中作為Bash腳本執(zhí)行。它可以是您通常在終端shell或公共Bash腳本中使用的任何命令、腳本或它們的組合。

script語句中可以使用的命令的唯一限制是目標執(zhí)行系統(tǒng)中這些程序的可用性。

腳本塊可以是一個簡單的字符串或多行字符串。后者簡化了由跨多行多個命令組成的非簡單腳本的編寫。例如：

process doMoreThings {

  """
  blastp -db $db -query query.fa -outfmt 6 > blast_result
  cat blast_result | head -n 10 | cut -f 2 > top_hits
  blastdbcmd -db $db -entry_batch top_hits > sequences
  """

}

正如 script教程部分所解釋的，字符串可以通過使用單引號或雙引號定義，多行字符串可以由三個單引號或三個雙引號字符定義。

他們之間有一個微妙但重要的區(qū)別。與Bash類似，以"分隔的字符串支持變量替換，而以'分隔的字符串則不支持變量替換。

在上面的代碼片段中，$db變量被管道腳本中某處定義的實際值所替換。

!Warning

由于Nextflow對字符串中的變量替換使用相同的Bash語法，因此需要仔細管理它們，這取決于您是想在Nextflow上下文中計算變量，還是在Bash環(huán)境執(zhí)行中計算變量。

當需要訪問腳本中的系統(tǒng)環(huán)境變量時，有兩個選項。第一種選擇與使用單引號字符串定義腳本塊一樣簡單。例如

process printPath {

   '''
   echo The path is: $PATH
   '''

}

這種解決方案的缺點是，您將無法在腳本塊中訪問管道腳本上下文中定義的變量。

要解決這個問題，請使用雙引號字符串定義腳本，并在系統(tǒng)環(huán)境變量前加上反斜杠\字符進行轉(zhuǎn)義，如下面的示例所示:

process doOtherThings {

  """
  blastp -db \$DB -query query.fa -outfmt 6 > blast_result
  cat blast_result | head -n $MAX | cut -f 2 > top_hits
  blastdbcmd -db \$DB -entry_batch top_hits > sequences
  """

}

在本例中，\$MAX變量必須在之前的管道腳本中定義。Nextflow在執(zhí)行腳本之前用實際值替換它。相反，$DB變量必須存在于腳本執(zhí)行環(huán)境中，Bash解釋器將用實際值替換它。