vcftools過(guò)濾

vcftools --vcf E214aa_merge.haplot.vcf --minDP 8 --recode --recode-INFO-all --out E214aaa.merge.miDP8

這里做一個(gè)記錄，當(dāng)我們用vcftools過(guò)濾測(cè)序深度的后， GT:AD:DP:GQ:PL? 這一部分基因型值會(huì)將測(cè)序深度不夠的標(biāo)注為? “./.” 這時(shí)候如果我們想刪除這些，用grep反選就可以

!grep -vE '\./\.' EMS214.clean.result > EMS214.clean2.result


未刪除之前


刪除之后
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