單細胞數(shù)據(jù)信噪比(Signal-to-noise ratio,SNR)

什么是信噪比?

信噪比,英文名稱叫做SNR或S/N(SIGNAL-NOISE RATIO),又稱為訊噪比。是指一個電子設(shè)備或者電子系統(tǒng)中信號與噪聲的比例。這里面的信號指的是來自設(shè)備外部需要通過這臺設(shè)備進行處理的電子信號,噪聲是指經(jīng)過該設(shè)備后產(chǎn)生的原信號中并不存在的無規(guī)則的額外信號(或信息),并且該種信號并不隨原信號的變化而變化(百度百科)。這是在其他領(lǐng)域的定義,當然,作為生物信息學研究者來說,這個定義并沒有什么生物學價值,接下來我們運用SNR來解決一點我們生物學的問題。
現(xiàn)在單細胞技術(shù)處于一個很火的階段,相信很多人都有很多單細胞的分析數(shù)據(jù),當然分析方法也有很多,大家值得借鑒的分析方法更是讓人“眼花繚亂”,這次我們就來運用信噪比來解決我們的生物學問題,運用到這個方法的文章是《Obesity remodels activity and transcriptional state of a lateral hypothalamic brake on feeding》,大家感興趣可查閱一下,這里我們直接來到信噪比(SNR)的分析部分。
首先第一步我們要知道信噪比是比較信號和噪音之間的比值,用在生物學上就是比較處理組和對照組之間的“信噪比”,我們來看文章中運用到的步驟:
Comparisons of gene expression levels between groups were performed on inverse hyperbolic sine (asinh) transformed data。
For gene x,
asinh fold-change (asinhFC) was defined as:

公式.png

也就是說先對數(shù)據(jù)進行asinh處理,運用反雙曲正弦轉(zhuǎn)化后的數(shù)據(jù)(數(shù)據(jù)的前處理,注意這里是FC的轉(zhuǎn)化,純數(shù)據(jù)只需要進行l(wèi)n即可),Signal-to-noise ratio (SNR) was defined as:
公式.png

SNR的定義就是處理后的數(shù)據(jù),分母是處理組減去對照組的平均值,然后求和,分子的對照組處理后的數(shù)據(jù),從這個公式上可以看出,SNR值越大,信噪比越大,分母越小,也就是處理組的數(shù)據(jù)與對照組之間的差異變動越小,兩組之間的差異越穩(wěn)定,差異貢獻度越穩(wěn)定,反義亦然。
這個方法大家可以借鑒一下, 看看兩組之間的差異基因SNR的分布,從而對差異基因有了更深入的認識。。

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