寫于20201114
這部分，我是進(jìn)行了基因組各個組分的一些統(tǒng)計。詳細(xì)內(nèi)容如下：

• 01.DMR和NSR在基因組中各個組分的占比
• 02.基因組各個基因組成分（exon、intron、TE和intergenic）的核酸多態(tài)性
• 03.各個亞群這些組分的核酸多態(tài)性分析
• 04.DMR、DSR和NSR這些組分的核酸多態(tài)性
• 05.DMR中各個組分的遺傳多樣性比較
• 06.整體DMR遺傳多樣性比較
• 07.DMR在基因組分上的分布（分Hyper和Hypo）
• 08.總體PIM到CER和CER到BIGD甲基化水平的趨勢
• 09.三種類型DNA甲基化circos圖
• 10.6圈DMR一圈馴化，一圈染色體的整體DMR的圖譜

• 11.DMR的頻率分布
  借鑒文章中的結(jié)果圖：
  

  1.
  圖1
  
  2.
  圖2
  
  
  3.
  圖3
  
  4.
  圖4
  
  5.
  圖5
  
  6.
  圖6-1
  
  7.
  圖6-2
  
  
  8.
  圖7
  
  9.
  圖8
  
  10.
  圖9
  
  11.
  圖10
  
  12.
  圖11

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1.DMR和NSR在基因組中各個組分的占比
獲取基因間區(qū)序列，需要先獲取gene.bed和TE.bed，然后用bedtools complement 進(jìn)行找到互補(bǔ)區(qū)域
bedtools complement -i gene.bed -g genome.bed
但是注意的是，這個互補(bǔ)區(qū)域中每條染色體的第一個位置為0，這樣會對后面bedtools 操作造成報錯。

獲取TE、exon、intron和intergenic的bed后，用bedtools的intersect進(jìn)行取交集，反映出覆蓋了多少組分。
bedtools intersect -a exon.bed -b DOM.fin.bed -wb |awk '{print $4"\t"$5"\t"$6}' |less > temp.bed最開始我沒想到，會有重復(fù)的行，所以造成間區(qū)和TE的區(qū)域特別多，后來我想到這個問題，所以需要添加bedtools sort -i temp.bed > temp.s.bed和bedtools merge -i temp.s.bed |awk '{sum+=($3-$2)}END{print sum}'|less
這樣得到DMR和DSR的組分信息。