Rookie in Bioinformatics.
發(fā)簡信
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3. SNP Calling以GATK流程為例，簡單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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好用的小工具及數(shù)據(jù)庫資料做富集分析的網(wǎng)頁工具https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表輸入就可以了, 如果基因的重要性有區(qū)別就勾選 "ordered q...
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動態(tài)交互！感興趣的基因標(biāo)記在 KEGG Pathway 通路圖上寫在前面 近期輔助課題組成員做一些上游數(shù)據(jù)分析，于是跑了前面搭建的流程并準備了系列分析結(jié)果文件，大體如下： 在其中「差異表達分析」的文件夾中，有系列文件，包括 KEGG Pa...
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零基礎(chǔ)快速完成基因功能注釋 / GO / KEGG / PFAM...寫在前面 早前已經(jīng)推過《新手eggNOG-Mapper詳細教程》，但仍然有很多人遇到使用問題。換句話，可能那個教程不能徹底解決大伙遇到的問題。于是我決定寫一個完美的教程，徹底...
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番紅固綠染色（植物）番紅固綠染色（植物） 番紅固綠染色（植物），是用于觀察植物組織不同組織形態(tài)的一種染色，染色后，組織木質(zhì)化、木栓化的細胞壁染成紅色;纖維素細胞壁染成綠色;導(dǎo)管染成紅色，篩管染成...
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[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--主成分分析（PCA）本期內(nèi)容為[R語言可視化-精美圖形繪制系列]--主成分分析（PCA） 主成分分析：PCA（Principal Component Analysis）是一種常用的數(shù)據(jù)分析方法。...
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轉(zhuǎn)錄組測序分析-上游分析一、認識轉(zhuǎn)錄組 RNA作為基因組和蛋白質(zhì)組之間的鏈接部分，是分子生物學(xué)中獨特的核心活動。轉(zhuǎn)錄組測序是分析某一組織中的全部RNA的表達量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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GEO數(shù)據(jù)挖掘之繪制PCA熱圖和差異基因火山圖PCA和差異基因圖是生信技能樹[生信爆款入門課程]GEO數(shù)據(jù)挖掘的重點。為拓展課堂所學(xué)知識，現(xiàn)在找一個數(shù)據(jù)集對他們做下練習(xí)總結(jié)。 1.主成分PCA 圖---- 2.top 1...
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轉(zhuǎn)錄組DEGs聚類熱圖和功能富集分析寫在前面：經(jīng)常做轉(zhuǎn)錄組分析，就是把差異基因搞個火山圖和Venn圖看各組差異基因的共有和特有情況。看見有個比較好的選擇，能直觀比較各種處理帶來的影響，如下： 來自Nature ...
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RNA-seq轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析丨一套完整的案例流程
今天分享的學(xué)習(xí)筆記是一套轉(zhuǎn)錄組分析簡單流程，適用于初學(xué)者入門閱讀，從原始測序數(shù)據(jù)開始，經(jīng)過質(zhì)控、序列比對、定量表達、差異表達、功能富集等一系列分析步驟，最終獲得基因表達信息。...
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沒有生物學(xué)重復(fù)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么進行差異分析？設(shè)置生物學(xué)重復(fù)這個環(huán)節(jié)也是你實驗設(shè)計很重要的一part，設(shè)置的好對你下游分析也有利，通常我們做轉(zhuǎn)錄組測序，需要的樣本量每組至少為3個生物學(xué)重復(fù)，這個處理起來就很合理，并且現(xiàn)在...
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FPKM差異表達分析
讀取表達矩陣 去重復(fù) b <- a[a$gene_name,] 去掉第一行第一列 rownames(c) <- c[,1] c <- c[,-1] 選擇所需數(shù)據(jù) a <- c...
