以GATK流程為例,簡單來說,SNP Calling主要包括以下幾步: 1. 給參考基因組建立索引:samtools faidx、bwa index, gatk Create...
IP屬地:廣東
以GATK流程為例,簡單來說,SNP Calling主要包括以下幾步: 1. 給參考基因組建立索引:samtools faidx、bwa index, gatk Create...
DNA的甲基化一般是抑制DNA表達(dá)的,即基因的甲基化水平越高,表達(dá)水平則越低,精子和大多數(shù)體細(xì)胞都符合這種模式。然而在卵細(xì)胞基因組中,許多轉(zhuǎn)錄惰性區(qū)呈現(xiàn)低甲基化特征。這種獨(dú)特...
Nathan寫于20200804。 由于最近開展了一些DNA甲基化的項目,跑了幾個預(yù)實驗的數(shù)據(jù),結(jié)果還不錯。所以在此記錄一下分析步驟和代碼。本次數(shù)據(jù)分析使用的軟件是BatMe...
前言 首先,對3個R包進(jìn)行簡單介紹。methylkit:用于高通量亞硫酸氫鹽測序的DNA甲基化分析和注釋的R包。該包的目的是處理RRBS以及WGBS的測序數(shù)據(jù)。此外,也可以處...
寫于20201114這部分,我是進(jìn)行了基因組各個組分的一些統(tǒng)計。詳細(xì)內(nèi)容如下: 01.DMR和NSR在基因組中各個組分的占比 02.基因組各個基因組成分(exon、intro...