以GATK流程為例，簡單來說，SNP Calling主要包括以下幾步： 1. 給參考基因組建立索引：samtools faidx、bwa index, gatk Create...
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3. SNP Calling -
Nature| 中國學(xué)者揭示卵細(xì)胞基因組低甲基化原因DNA的甲基化一般是抑制DNA表達(dá)的，即基因的甲基化水平越高，表達(dá)水平則越低，精子和大多數(shù)體細(xì)胞都符合這種模式。然而在卵細(xì)胞基因組中，許多轉(zhuǎn)錄惰性區(qū)呈現(xiàn)低甲基化特征。這種獨(dú)特...
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DMR甲基化數(shù)據(jù)分析(1)Nathan寫于20200804。 由于最近開展了一些DNA甲基化的項(xiàng)目，跑了幾個(gè)預(yù)實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)，結(jié)果還不錯(cuò)。所以在此記錄一下分析步驟和代碼。本次數(shù)據(jù)分析使用的軟件是BatMe...
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差異甲基化分析R包methylkit、DSS和dmrseq的比較
前言 首先，對3個(gè)R包進(jìn)行簡單介紹。methylkit：用于高通量亞硫酸氫鹽測序的DNA甲基化分析和注釋的R包。該包的目的是處理RRBS以及WGBS的測序數(shù)據(jù)。此外，也可以處...
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群體DNA甲基化分析1——基因組各個(gè)組分相關(guān)統(tǒng)計(jì)寫于20201114這部分，我是進(jìn)行了基因組各個(gè)組分的一些統(tǒng)計(jì)。詳細(xì)內(nèi)容如下： 01.DMR和NSR在基因組中各個(gè)組分的占比 02.基因組各個(gè)基因組成分（exon、intro...
