WGCNA原理和分析流程[http://m.itdecent.cn/p/9331eb5377d1] 單細(xì)胞WGCNA分析方法+隨機(jī)森林[h...
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hdWGCNA：?jiǎn)渭?xì)胞WGCNA分析方法 -
ROGUE：評(píng)估細(xì)胞亞群純度說(shuō)在前面 我們?cè)谇懊嫱ㄟ^(guò)3篇推文介紹了張澤民老師的系列研究成果張澤民老師系列文章解讀(一)[https://mp.weixin.qq.com/s...
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外泌體多組學(xué)03-scMappR包：制造signature matrix老規(guī)矩，推薦大家看官網(wǎng)，資料： 官網(wǎng)scMappR：https://cran.r-project.org/web/packages/scMapp...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應(yīng)（batch effect）去除在單細(xì)胞分析當(dāng)中，經(jīng)常會(huì)遇到整合分析的問(wèn)題，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應(yīng)（batch effect），那么什么是批次效應(yīng)呢？簡(jiǎn)而言之，批次效應(yīng)...
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seurat-NormalizeData()源碼解析年底復(fù)盤(pán)，發(fā)現(xiàn)很多知識(shí)點(diǎn)理解并不深入，想對(duì)這些不清晰的知識(shí)點(diǎn)重新梳理一下。 一、NormalizeData()歸一化 考慮到文庫(kù)測(cè)序深度的影響，...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）批次效應(yīng)去除大盤(pán)點(diǎn)2 & AWGANhello,大家好，今天我們要再度深入認(rèn)識(shí)一下批次效應(yīng)，關(guān)于批次效應(yīng)，我們之前分享了很多了，文章列在這里，供大家參考 10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)...
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使用PHATE復(fù)現(xiàn)Science Immunology文章的結(jié)果在上篇文章中，我們初步探索了PHATE的使用方法，發(fā)現(xiàn)它在揭示一些連續(xù)分化過(guò)程中不同細(xì)胞狀態(tài)之間的微小局部差異具有很好的效果，同時(shí)也能保留細(xì)胞全...
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10X單細(xì)胞（10X空間轉(zhuǎn)錄組）基因集打分方法匯總
hello，大家好，今天周一，做一個(gè)簡(jiǎn)單的匯總，主要針對(duì)基因集打分，無(wú)論是單細(xì)胞還是空間，基因集打分都很普遍，方法也很多，我們來(lái)總結(jié)一下。 研究...
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細(xì)胞間通訊教程|| cellphonedb 及其可視化細(xì)胞配受體通識(shí)以及常見(jiàn)細(xì)胞分泌信號(hào)通路[http://m.itdecent.cn/p/df4721d29a91]CellChat：細(xì)胞間相...
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R包SCENIC:結(jié)果可視化與分析
1.鑒定細(xì)胞狀態(tài) 以t-SNE圖呈現(xiàn)AUC評(píng)分和TF表達(dá)情況（即調(diào)控元件的活動(dòng)度） 利用AUC 交互app（Scope） logMat <- e...
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