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本文應(yīng)該是第二全的WGCNA分析教程，參考了最新的文檔。第一全的還在路上，會(huì)出現(xiàn)于生信寶典和宏基因組公眾號(hào)組織的二代三代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析實(shí)戰(zhàn)班上，...

WGCNA分析基于兩個(gè)假設(shè)：1.相似表達(dá)模式的基因可能存在共調(diào)控、功能相關(guān)或處于同一通路，2.基因網(wǎng)絡(luò)符合無(wú)尺度分布?；谶@兩點(diǎn)，可以將基因網(wǎng)絡(luò)...

在上一篇帖子上完成了表達(dá)量數(shù)據(jù)和表型數(shù)據(jù)的整理，這篇文章將進(jìn)行網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測(cè)。 WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 - 簡(jiǎn)書 (jia...

在前兩篇帖子中介紹了數(shù)據(jù)的導(dǎo)入清洗，以及一步法構(gòu)建網(wǎng)絡(luò)，這篇文章將介紹網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的第二種方法，分步法。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 -...

前面的文章中完成了數(shù)據(jù)導(dǎo)入和網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建，下面是將基因模塊與性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)，從而識(shí)別與表型相關(guān)的重要基因。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)入清洗 -...

在前面的帖子中介紹了數(shù)據(jù)的導(dǎo)入和清洗，網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建的兩種方法，模塊與性狀的關(guān)聯(lián)，這篇文章將介紹如果進(jìn)行模塊可視化。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導(dǎo)...

通過(guò)前期的分析，我們確定了感興趣的module，但是module中又含有幾十甚至上百的基因，下一步需要進(jìn)一步篩選hub gene。 WGCNA（...