Introduction KEGG[https://www.genome.jp/kegg/]（Kyoto Encyclopedia of Gen...
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KEGG 數(shù)據(jù)庫(kù)及API (1) -
Read count CPM RPKM
RNA-seq看表達(dá)量高低是看哪個(gè)值？1.Read count(1)數(shù)值概念：比對(duì)到gene A的reads數(shù)。(2)用途：用于換算CPM、RP...
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KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息數(shù)據(jù)庫(kù)，...
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轉(zhuǎn)錄組入門(8): 富集分析
我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(logFC)大于1的基因?yàn)轱@著差異表達(dá)基因集，對(duì)這個(gè)基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗(yàn)分析。然后把表...
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使用Pysam操作BAM文件
Pysam操作BAM文件 Pysam包是一個(gè)處理基因組數(shù)據(jù)的python模塊，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcf...
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三代測(cè)序入門移步github 測(cè)序原理 共有的特點(diǎn)： 優(yōu)點(diǎn)：無(wú)需前期擴(kuò)增，不引入偏向性；讀長(zhǎng)長(zhǎng)缺點(diǎn)：錯(cuò)誤率高； 10X Genomics：Illumina二...
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基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析-WGCNA
今天推薦給大家一個(gè)R包WGCNA，針對(duì)我們的表達(dá)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行分析。 簡(jiǎn)單介紹：WGCNA首先假定基因網(wǎng)絡(luò)服從無(wú)尺度分布，并定義基因共表達(dá)相關(guān)矩陣、...
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高通量測(cè)序質(zhì)控及可視化工具包RSeQC本期介紹一個(gè)測(cè)序質(zhì)控的工具包:RSeQC包,它提供了一系列有用的小工具能夠評(píng)估高通量測(cè)序尤其是RNA-seq數(shù)據(jù).比如一些基本模塊;檢查序列質(zhì)量...
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從原始芯片.cel數(shù)據(jù)到權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)(WGCNA)詳細(xì)流程看這個(gè)之前，可以先看WGCNA的一些理論背景知識(shí)[http://m.itdecent.cn/p/e102681ec979]看完整個(gè)之后可以...
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RNA-seq數(shù)據(jù)的基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析劉小澤寫于18.10.24最近開(kāi)始寫第一篇英文小論文，練練手，為將來(lái)寫英文大論文做準(zhǔn)備 目錄 1 背景 Background Types of ...
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