今天來(lái)給大家分享的是：怎么一行命令完成RNAseq數(shù)據(jù)差異分析+火山圖+散點(diǎn)圖。 一、準(zhǔn)備3個(gè)文件： 1、基因表達(dá)count文件：gene_co...
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一行命令完成RNAseq差異分析+火山圖+散點(diǎn)圖 -
seaborn.heatmap的初步學(xué)習(xí)參考官網(wǎng)教程，首先看看seaborn.heatmap的函數(shù)定義形式 numpy數(shù)組繪制熱圖 隨機(jī)創(chuàng)建10行12列的數(shù)組，定義一個(gè)子圖寬高為9和6...
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python腳本截取fastq序列
前言 ??最近在學(xué)習(xí)單細(xì)胞方面的知識(shí)，遇到了一個(gè)小的需求就是截取需要的fastq序列。先來(lái)說(shuō)一下為什么有這個(gè)需求，一般來(lái)說(shuō)單細(xì)胞的測(cè)序文件有三個(gè)...
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R語(yǔ)言用列數(shù)據(jù)畫PCA帶橢圓圖之前找了很多信息，見(jiàn)到的都是用行畫PCA，用列的大多都是使用fviz_pca_var這個(gè)函數(shù)，但這個(gè)函數(shù)橢圓我又死活加不上，再加上畫橢圓時(shí)的分組...
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python處理fasta文件序列
1.獲取給定DNA序列的反向互補(bǔ)序列: 思路：從一個(gè)文件中導(dǎo)入序列，然后將互補(bǔ)后的結(jié)果輸出到另外一個(gè)文件中。先定義的一個(gè)字典： compl...
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R package：circlize環(huán)狀熱圖1.讀取基因表達(dá)數(shù)據(jù) 這是我的基因表達(dá)量數(shù)據(jù) 1.1提取部分?jǐn)?shù)據(jù)集 1.2提取基因表達(dá)值所在的列，組成新的矩陣，并將矩陣轉(zhuǎn)置 為什么要轉(zhuǎn)置，參考...
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R數(shù)據(jù)可視化11:相關(guān)性圖之前我們用熱圖的形式展現(xiàn)了相關(guān)關(guān)系，今天我們來(lái)用另外幾種形式來(lái)展現(xiàn)相關(guān)關(guān)系的圖。本文代碼來(lái)源：Visualize correlation mat...
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Python可視化工具介紹——找到合適的庫(kù)Python有很多可視化工具，大體上可以分為基于matplotlib的工具庫(kù)和基于JS的工具庫(kù)。有如此豐富的選擇是幸福的，無(wú)論你要畫什么圖，都能...
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轉(zhuǎn)錄組分析——如何尋找差異基因中的中樞基因（hubgene）一、前言 好久沒(méi)更新過(guò)文章啦，今天我們來(lái)聊一聊怎么找hubgene。 二、常見(jiàn)的尋找hubgene方法 我們?nèi)绻芯恳粋€(gè)疾病，通常會(huì)做一個(gè)疾病...
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基因表達(dá)分析（上）- 差異表達(dá)分析基因表達(dá) 什么是基因表達(dá)，如下是來(lái)自于維基百科的解釋： 研究方法 定量PCR 這部分我不太懂，所以就放幾段百度百科和維基百科的定義。 百度百科 ...
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