在RNA-seq或芯片數(shù)據(jù)下游分析中經(jīng)常遇到需要將基因表達(dá)矩陣行名的ensembl_id ( gene_id ) 轉(zhuǎn)換為gene symbol(...
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ensembl_id轉(zhuǎn)換與gene symbol基因名去重復(fù)的兩種方法 -
Counts FPKM RPKM TPM CPM 的轉(zhuǎn)化
一、什么是RPKM、 FPKM、TPM、CPM RPKM, FPKM and TPM, clearly explained - StatQues...
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獲取基因有效長度的N種方法在RNAseq的下游分析中，一般都會將上游處理完得到的原始counts數(shù)轉(zhuǎn)變?yōu)镕PKM/RPKM或是TPM來進(jìn)行后續(xù)的展示或分析，其定義和計算公...
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WGCNA在文獻(xiàn)中的解釋
最近看了一個文章，里面有一段概述了WGCNA，分享給大家，希望對大家有所幫助 原文：Das S , Meher P K , Rai A , et...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day3——賣萌哥閑言碎語 從今天開始轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)進(jìn)入正題啦。要重現(xiàn)的文章是 RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies ...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day2——賣萌哥
今天的主要任務(wù)是練習(xí)linux基礎(chǔ)命令，然后結(jié)合實例練習(xí)一下三個重要的命令awk、sed、grep 基礎(chǔ)命令： pwd 顯示當(dāng)前目錄。print...
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2019-03-10 轉(zhuǎn)錄組分析 之教訓(xùn) 1從開始學(xué)習(xí)轉(zhuǎn)錄組分析，都是按照網(wǎng)上的教程別人的數(shù)據(jù)一步一步的跑，只要是嚴(yán)格按照教程上來，基本都不會出現(xiàn)錯誤。在整個過程中，也沒有想太多，每一...
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用pheatmap畫熱圖
假裝是前言 學(xué)了很久的R，一直也沒啥進(jìn)展，之前一直覺得R不是很容易的東西嗎，復(fù)制粘貼代碼就好了。。emmm，太年輕太年輕。。 我用R的日常就是畫...
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都8102年了，還用fastq-dump，快換fasterq-dump吧之前寫過一篇文章Fastq-dump: 一個神奇的軟件[http://m.itdecent.cn/p/a8d70b66794c]， 詳細(xì)介...
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GTF/GFF文件的差異及其相互轉(zhuǎn)換我們在做生物分析的時候，經(jīng)常會碰到GFF格式的文件以及GTF格式的注釋文件。他們有著相似的名字，甚至連內(nèi)容都極為相似~那么，他們究竟差在哪里呢？...
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