測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序...
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TCGA數(shù)據(jù)差異分析后生存分析（批量單因素cox回歸/Lasso篩選，多因素cox建模，時(shí)間依賴ROC曲線及KM plot可視化） -
ChIP-seq基礎(chǔ)入門理解ChIP-Seq 到了目前這個(gè)水平，我學(xué)習(xí)新的高通量數(shù)據(jù)分析流程時(shí)已經(jīng)不再考慮代碼應(yīng)該如何寫(xiě)的問(wèn)題了。我更多要去考慮一個(gè)技術(shù)的目的和意義。 ...
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整合QC質(zhì)控結(jié)果的利器——MultiQC一、MultiQC介紹 NGS技術(shù)的進(jìn)步催生了新的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)、分析類型和極高通量測(cè)序數(shù)據(jù)的生成。對(duì)于這些數(shù)據(jù)的質(zhì)量評(píng)估，每一步分析結(jié)果的評(píng)估是后續(xù)...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組-試運(yùn)行
以Illumina測(cè)序儀說(shuō)明二代測(cè)序的一般流程: （1）文庫(kù)制備 將DNA用霧化或超聲波隨機(jī)片段化成幾百堿基或更短的小片段。用聚合酶和外切核酸酶...
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【RNA-seq自學(xué)10】總結(jié)篇1、什么情況下用RNAseq RNAseq是一種高通量測(cè)序技術(shù)。它可以幫助我們理解在各種比較條件下，所有基因的表達(dá)情況的差異。簡(jiǎn)單的理解，就是R...
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處理NGS的新神器systemPipeR首先附上軟件鏈接：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/systemP...
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WGS實(shí)戰(zhàn)：從raw reads到vcf實(shí)操一個(gè)WGS項(xiàng)目，從原始測(cè)序數(shù)據(jù)到比對(duì)，再到call變異，以及vcf文件的質(zhì)控。 軟件準(zhǔn)備 samtools sratoolskit bcft...
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組學(xué)工具合集
組學(xué)工具合集 整理了一些目前知道的與組學(xué)相關(guān)的工具，可能不全面，歡迎補(bǔ)充 基因組學(xué) 一代組裝 Celera Assembler: 最具代表性的工...
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ZT:lncrna分析流程
author:風(fēng)吹過(guò)的94data:2016-051.QC2.比對(duì)(tophat2) 3.組裝(cufflinks) 4.合并(cuffmerg...
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TCGA專用轉(zhuǎn)錄組流程代碼大放送 - 生信技能樹(shù)
TCGA專用轉(zhuǎn)錄組流程代碼大放送 - 生信技能樹(shù)
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