在《WGBS 全基因組甲基化測(cè)序》)講解了 WGBS 測(cè)序原理，簡(jiǎn)而言之是 BS 處理將未甲基化 C 轉(zhuǎn)化為 U(T) 而甲基化的 C 不變，從...
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Bismark 進(jìn)行 WGBS 比對(duì) -
WGBS 全基因組甲基化測(cè)序DNA甲基化是DNA被添加甲基()修飾影響基因功能或者表達(dá)。最常見(jiàn)的甲基化是胞嘧啶產(chǎn)生5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine, 5-m...
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甲基化測(cè)序 （WGBS/RRBS/TBS）的去重（de-duplication）問(wèn)題
關(guān)于測(cè)序數(shù)據(jù)去重問(wèn)題網(wǎng)上有很多大神的分析，我就不濫竽充數(shù)了，我挑取了幾篇比較好的文章: 第二代測(cè)序原理的詳細(xì)解析！高通量測(cè)序之duplicate...
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DNA甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)處理（二）：差異分析前言 銜接上一篇數(shù)據(jù)比對(duì)后的結(jié)果，使用R包DSS進(jìn)行處理。 Input文件準(zhǔn)備 我們先來(lái)復(fù)習(xí)一下上一節(jié)課得到的數(shù)據(jù)結(jié)果：*.bismark.co...
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DNA甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)處理（一）：數(shù)據(jù)比對(duì)前言 因?yàn)榻M里面出了一批甲基化測(cè)序數(shù)據(jù)，使用的技術(shù)為BS-seq，處理的時(shí)候順帶記錄了學(xué)習(xí)過(guò)程，演示使用數(shù)據(jù)為官方提供的example.fast...
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