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PAML正選擇文獻(xiàn)閱讀與計(jì)算方法-自用版 -
趨同檢測1
1. 利用rbh的方法鑒定ortholog 2. 利用convgent_1.2.py生成prank,convert_paml,run_paml和...
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接上，pcoc檢測氨基酸性質(zhì)的趨同
pcoc檢測 step1. 處理樹文件；將第2步生成的02_Trees文件夾拷貝到當(dāng)前目錄，并修改為.txt結(jié)尾 step2：處理序列文件 st...
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2023-GATK4-Best Practices|| Getting started with GATK4（一）老規(guī)矩，先奉上學(xué)習(xí)資料鏈接： https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/3600361...
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genblastg和genewise鑒定缺失基因
基于組裝好的基因組，例如某一個(gè)基因在該基因組中無注釋，需檢查是否為注釋錯(cuò)誤，還是該基因本身缺失。 軟件：genblastg和genewise g...
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基因組位置匹配，提取gff文件信息
有一個(gè)文件weizhi，里面是三列數(shù)據(jù)，以”_“分割，第一列是染色體，第二列是開始位置，第三列是終止位置，另一個(gè)文件是H7L1_maker.gf...
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跟著Nature Communications學(xué)作圖：R語言ggplot2散點(diǎn)組合誤差線展示響應(yīng)比（Response ratio）論文 Meta-analysis of the impacts of global change factors on soil microbi...
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開放問題：如何從OrthoFinder2的Single_Copy_Orthologue_Sequences蛋白序列集提取CDS進(jìn)行正選擇分析
已有“OrthoFinder/Results_Jul11/Orthogroups ”
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看完這篇推送的，據(jù)說都學(xué)會(huì)了分化時(shí)間計(jì)算？！分子鐘假說 基因序列中密碼子隨著時(shí)間的推移以幾乎恒定的比例相互替換，即具有恒定的演化速率，兩個(gè)物種之間的遺傳距離將與物種的分化時(shí)間成正比。我們通...
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關(guān)于PhastCons和SIFT4G的使用
由于分析需求需要使用PhastCons分析DNA的保守序列，以及使用SIFT軟件分析氨基酸變異的有害性，經(jīng)過一段時(shí)間的探索，對這兩款軟件已經(jīng)有了...
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