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等了好久的B站TCGA筆記（1-2章） -
11 生存模型的C-index
現(xiàn)階段用的最多的是腫瘤患者預(yù)后模型的預(yù)測(cè)精度。 C-index，C指數(shù)即一致性指數(shù)（index of concordance），用來評(píng)價(jià)模型的預(yù)...
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使用coxph 回歸和logrank test對(duì)TCGA數(shù)據(jù)做批量生存分析批量生存分析 使用 coxph 回歸方法 批量生存分析 使用 logrank test 方法 參考來源：生信技能樹 友情鏈接： 課程分享生信技...
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GEO在學(xué)習(xí)-代碼GEO再學(xué)習(xí) GEO數(shù)據(jù)挖掘已經(jīng)成為生信學(xué)者必備技能,我以為自己會(huì)跑代碼了就是會(huì)了,其實(shí)呢,細(xì)細(xì)去領(lǐng)會(huì)每個(gè)細(xì)節(jié),還是會(huì)發(fā)現(xiàn)很多盲區(qū).聽了曉娟老師...
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2018-09-30 如何理解survivalROC包的統(tǒng)計(jì)學(xué)原理生存分析中的ROC是怎么來的，ROC是對(duì)二分類資料的評(píng)價(jià)指標(biāo)，那對(duì)于生存資料呢？ 首先我們分析生存資料的特點(diǎn)：（1）包含有結(jié)局和時(shí)間兩個(gè)方面的信...
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腫瘤免疫浸潤分析工具匯總-數(shù)據(jù)挖掘新高度
2018年腫瘤免都疫榮獲諾獎(jiǎng)，成為一大熱點(diǎn)。咱有些小伙伴的數(shù)據(jù)庫挖掘卻一萬年停留在那些被玩壞了的套路上，比如像這樣做一個(gè)GEO的差異分析，就放上...
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復(fù)現(xiàn)詳解：純R代碼實(shí)現(xiàn)ssGSEA算法評(píng)估腫瘤免疫浸潤程度一 . 從GEO數(shù)據(jù)庫中下載表達(dá)矩陣文件 GSE112996_merged_fpkm_table.txtGSE112996_series_mat...
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RNA-seq練習(xí) 第三部分（DEseq2篩選差異表達(dá)基因,可視化）DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart) DESeq2對(duì)于輸入數(shù)據(jù)的要求1.DEseq2要求輸入數(shù)據(jù)是由整數(shù)組成的矩陣。2.DESe...
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TCGA視頻課程筆記（上）TCGA-101-課程介紹-需要哪些背景知識(shí) 基于TCGA28篇教程 掌握以下基礎(chǔ)知識(shí)： 概念、研究范圍、數(shù)據(jù)來源、數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、數(shù)據(jù)格式、癌癥相關(guān)...
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文獻(xiàn)推薦-基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析口腔鱗癌中的關(guān)鍵模塊和hub基因Application of weighted gene co-expression network analysis to identify ...
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