這篇文章很長(zhǎng)，超過(guò)1萬(wàn)字，是本系列中最重要的一篇，因?yàn)槲也⒎侵皇窃诤?jiǎn)單地告訴大家?guī)讞l硬邦邦的操作命令。對(duì)于新手而言不建議碎片時(shí)間閱讀，對(duì)于有一定...
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從零開(kāi)始完整學(xué)習(xí)全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第4節(jié) 構(gòu)建WGS主流程 -
從零開(kāi)始完整學(xué)習(xí)全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第2節(jié) FASTA和FASTQ在WGS數(shù)據(jù)的分析過(guò)程中，我們會(huì)接觸到許多生物信息學(xué)/基因組學(xué)領(lǐng)域所特有的數(shù)據(jù)文件和它們特殊的格式，在這一節(jié)中將要介紹的FASTA和FASTQ便...
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從零開(kāi)始完整學(xué)習(xí)全基因組測(cè)序（WGS）數(shù)據(jù)分析：第1節(jié) DNA測(cè)序技術(shù)前言 基因測(cè)序已是時(shí)下熱門(mén)，目前除了華大基因之外，其他分布于全中國(guó)的大型測(cè)序平臺(tái)（HiSeq X 10）還有約10個(gè)，每個(gè)每年大概能完成1.8萬(wàn)...
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生信筆記收藏匯總
更新日期：2018/3/13 這里匯總一些生信分析和數(shù)據(jù)可視化相關(guān)的推文或筆記，為知筆記里存的東西太雜太亂，花了一天的時(shí)間初步整理了下。點(diǎn)擊跳轉(zhuǎn)...
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RNAseq 必讀綜述和在線(xiàn)教程最近讀到一篇博文，介紹了學(xué)習(xí) RNAseq 數(shù)據(jù)分析非常推薦的兩篇綜述和七個(gè)在線(xiàn)教程并發(fā)表了相關(guān)評(píng)論。本文將進(jìn)行簡(jiǎn)要整理并對(duì)相關(guān)評(píng)論內(nèi)容進(jìn)行大致...
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測(cè)序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計(jì) | reads,coverage,depth
00 寫(xiě)在前面 測(cè)序后公司交付數(shù)據(jù)時(shí)，一般會(huì)提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果。因?yàn)榭赡苄枰约簛?lái)進(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理，記得一定要...
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RNA-seq分析的流程及軟件前言：觀看B站孟浩巍的系列視頻2017-08-04-高通量測(cè)序技術(shù)交流錄像，內(nèi)容頗多，直接記錄筆記代碼，沒(méi)有經(jīng)過(guò)本地運(yùn)行，僅作記錄，他日再做梳理...
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GATK4.0和全基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)踐（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我講述了很多基因數(shù)據(jù)分析的來(lái)龍去脈，雖然許多同學(xué)覺(jué)得很有幫助，但是卻缺了一個(gè)重要的環(huán)節(jié)——沒(méi)有提供實(shí)際可用的數(shù)...
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GATK4全基因組數(shù)據(jù)分析最佳實(shí)踐,我以這篇文章為標(biāo)志,終結(jié)當(dāng)前WGS系列數(shù)據(jù)分析的流程主體問(wèn)題 | 完全代碼這是我根據(jù)之前的WGS系列和GATK4實(shí)踐文章進(jìn)行重新梳理之后確定下來(lái)的分析流程，這是一個(gè)WGS的最佳實(shí)踐，它基于GATK4和我的實(shí)際經(jīng)驗(yàn)，稍作...
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在線(xiàn)RNA-seq可視化網(wǎng)站-目前見(jiàn)過(guò)最流弊的（多圖慎點(diǎn)）先丟鏈接http://bioinformatics.sdstate.edu/idep/ 能做什么？可視化見(jiàn)過(guò)最全的的在線(xiàn)RNA-seq分析，把這...
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