單細胞測序數據也可以做gsea，步驟跟用RNAseq的數據差不多，主要是要用到差異基因并且根據Fold change來排序。 選擇自己數據的物種...
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單細胞數據（scRNAseq）可以做GSEA嗎？ -
【單細胞轉錄組】單細胞小記—什么是擬時間分析在發(fā)育過程中，細胞對內外環(huán)境的刺激發(fā)生反應，從一種狀態(tài)轉變成另外一種狀態(tài)。比如說精卵結合形成受精卵，隨著不同基因的激活，逐漸分化成不同的組織和器...
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如何通過CHIP-seq分析鑒別基因啟動子和增強子
一、表觀遺傳學的組蛋白修飾 染色體一個核小體由兩個H2A，兩個H2B，兩個H3，兩個H4組成的組蛋白八聚體和147bp纏繞在外面的DNA組成。組...
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scRNAseq：h5文件轉化為matrix表達矩陣前言 ??今天想跟大家分享一下單細胞分析中的一個需求，就是如何將h5的表達量文件轉化為常見的表達矩陣。大部分情況下，我們是不需要用到這個需求，因...
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根據barcode過濾bam文件
10x 單細胞產生的BAM文件可以根據所需的barcode進行過濾。首先，將所需的cell barcode條形碼放入 filter.txt中。并...
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單細胞Seurat包升級之2,700 PBMCs分析（下）劉小澤寫于19.8.19主要介紹官方教程PBMC 3K的下游分析（https://satijalab.org/seurat/v3.0/pbmc3...
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monocle3 的安裝monocle2在解決細胞軌跡排布結果可讀性上確實讓人歡喜，但monocle2有個致命的確定，就是分析的細胞數目有限，最近在分析一個65000多...
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單細胞轉錄組細胞類型注釋分析合集
SingleR 使用SingleR包進行單細胞類型注釋分析 Celaref 使用Celaref包進行單細胞類型注釋分析（一）：Celaref O...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關的背景知識。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組...
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SNARE-seq：RNA-seq和ATAC-seq合體High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibil...
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