一、在NCBI上下載rRNA的fasta序列，用于建立索引 1.參考：https://ucdavis-bioinformatics-traini...
投稿
收錄了19篇文章 · 48人關(guān)注
-
用bowtie2去除fastq文件中的rRNA -
R包：phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)分析利器phyloseq: 擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)分析利器 phyloseq包對(duì)多類(lèi)型數(shù)據(jù)的綜合軟件，并其對(duì)這些數(shù)據(jù)提供統(tǒng)計(jì)分析和可視化方法。 介紹 ??微生物數(shù)據(jù)...
-
16S測(cè)序分析（一）菌屬豐度表獲取導(dǎo)讀 Miseq 16S amplicon V3V4 PE300測(cè)序是目前菌群結(jié)構(gòu)譜研究最為常用的測(cè)序手段。本文將以此類(lèi)測(cè)序的下機(jī)數(shù)據(jù)為例展示“...
-
16S測(cè)序分析（二）菌群多樣性分析導(dǎo)讀 多樣性分析是16S測(cè)序分析中常見(jiàn)的分析方法。本文旨在向初學(xué)者介紹多樣性分析中alpha多樣性和beta多樣性的由來(lái)、概念、計(jì)算，以及展示“...
-
16S測(cè)序分析（三）用LEfSe尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 前面已經(jīng)介紹了獲取菌屬相對(duì)豐度表的方法，以及多樣性分析中的基本概念和計(jì)算方法。接下來(lái)將開(kāi)始介紹一種尋找組間差異細(xì)菌的常用方法LEfSe。L...
-
16S測(cè)序分析（四）用MaAsLin尋找組間差異細(xì)菌導(dǎo)讀 MaAsLin（Multivariate Analysis by Linear Models，多變量線性回歸模型）功能：相關(guān)性分析特點(diǎn)：多...
-
16S測(cè)序分析（五）用RandomForest尋找關(guān)鍵細(xì)菌導(dǎo)讀 用隨機(jī)森林“分類(lèi)”的方法尋找16S測(cè)序數(shù)據(jù)中與分組有關(guān)的細(xì)菌。 一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 標(biāo)準(zhǔn)化細(xì)菌豐度表格式要求：不用放樣本ID；最后一列放分組變量...
-
16S測(cè)序分析（六）用PICRUSt預(yù)測(cè)菌群KEGG代謝通路
導(dǎo)讀 PICRUSt (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction ...
-
【教程】超級(jí)棒的QIIME16s數(shù)據(jù)分析流程注意：這篇教程是作者寫(xiě)于兩年前的，但這個(gè)領(lǐng)域已經(jīng)發(fā)生了許多變化。如果你是做16s分析的，你可以考慮使用QIIME2[https://docs.q...
-
宏基因組之基因組裝背景 宏基因組組裝，即把短的reads拼裝成連續(xù)的序列contig，再根據(jù)PE等關(guān)系將contig拼裝成scaffold。與單個(gè)基因組組裝不同，...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1928537/timg.jpeg', '推薦專(zhuān)題《16S和宏基因組》（ 分享自 @簡(jiǎn)書(shū) ）','http://m.itdecent.cn/c/8cf47b27c49d?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁(yè)面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}