學(xué)習(xí)使用GROMACS已經(jīng)很久了，但是一直停留在很初級(jí)的應(yīng)用上面，對(duì)高級(jí)技巧并不了解。就連做生物體系幾乎必做的MMPBSA分析都沒(méi)有嘗試過(guò)。乘著...
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Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA計(jì)算結(jié)果展示
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Parameters in DPD (Dissipative Particle Dynamics) model and the units conversion
by Yawei Liu @Sydney, Australia 2020/01/15 DPD model In the DPD model, ...
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Packmol安裝時(shí)make錯(cuò)誤
Packmol是分子模擬中最常用的搭建初始構(gòu)型的軟件。輕便、快捷的特性使其在諸多建模軟件中脫穎而出。不過(guò)近日在Win10的Linux子系統(tǒng)中安裝...
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PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析軌跡
翻譯自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目標(biāo) 主要是熟悉PLUMED...
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GMX中常見(jiàn)小錯(cuò)誤匯總
長(zhǎng)期更新 2018.10.29 Q: gmx genion命令：往溶劑中添加離子時(shí)報(bào)錯(cuò)："No line with moleculetype S...
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CPPTRAJ聚類(lèi)/團(tuán)簇分析教程
by Daniel R. Rose原文地址 從分子動(dòng)力學(xué)模擬中確定結(jié)構(gòu)布居(structure populations)的一種方法是聚類(lèi)/團(tuán)簇分...
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gromacs使用額外水模型
在我們MD中我們有時(shí)候很少進(jìn)行水模型的選擇，很多時(shí)候我們對(duì)于不要求精確的體系使用spc水模型，對(duì)于相對(duì)要求精確的模型一般使用tip3p模型，對(duì)于...
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GMX中墻與凍結(jié)組的設(shè)置
GROMACS分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算過(guò)程中，常需設(shè)置二維的周期化條件與凍結(jié)組，下面簡(jiǎn)要介紹一下這兩種設(shè)置的實(shí)現(xiàn)與注意事項(xiàng)： 二維周期化條件通常是配合...
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Rosetta系列-FloppyTail構(gòu)建蛋白柔性尾轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系，且保留鏈接 使用這個(gè)代碼需要蛋白具有長(zhǎng)的柔性尾，在晶體結(jié)構(gòu)中是缺失的，生物化學(xué)證據(jù)表明已知結(jié)合伴侶上尾部的特定結(jié)合位點(diǎn).該代碼旨在模...
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