circm6A是可以進(jìn)行circRNA識別和m6A檢測的軟件。軟件地址：https://github.com/canceromics/circm...
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circm6A安裝與使用 -
小鬼的m6A圖文復(fù)現(xiàn)01-文獻(xiàn)解讀|在人的四種不同組織中m6A甲基化的遺傳驅(qū)動因素1.文獻(xiàn)信息 標(biāo)題：Genetic drivers of m6A methylation in human brain, lung, heart...
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小鬼的m6A圖文復(fù)現(xiàn)02-數(shù)據(jù)下載和質(zhì)控上一篇文章我們提到作者有非常好的代碼資源，但是數(shù)據(jù)沒有權(quán)限下載。因此，我又重新找了一篇文獻(xiàn)，使用這個文章的數(shù)據(jù)來進(jìn)行m6A圖文復(fù)現(xiàn)。數(shù)據(jù)相關(guān)文獻(xiàn)...
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小鬼的m6A圖文復(fù)現(xiàn)03-數(shù)據(jù)比對之去除rRNA在上一期中我們得到了cleandata，接下來是要比對到參考基因上進(jìn)行比對過程的分析。一般來說，在比對之前，我們可以選擇先去除rRNA序列然后再...
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小鬼的m6A圖文復(fù)現(xiàn)07-Peak結(jié)果以及分布特征圖上一期提到使用exomePeak2進(jìn)行m6A的Peak Calling，結(jié)果如下，每個樣本一個結(jié)果： ├── ADDInfo│ ├── AD...
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小鬼的m6A圖文復(fù)現(xiàn)06-樣本相關(guān)性檢驗(yàn)與Peak_Callingm6A圖文復(fù)現(xiàn)已經(jīng)更新到第五期了群里還是有非常多的小伙伴在問哪個步驟用哪個軟件，在這里，我給出一張m6A分析的常規(guī)pipeline： 圖出處：h...
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小鬼的m6A圖文復(fù)現(xiàn)04-rRNA比對結(jié)果與Hisat2比對在上一期中我們得到了cleandata后，先使用bowtie2與NCBI的rRNA的序列進(jìn)行比對，進(jìn)行了去除rRNA序列的步驟，得到了去除rRN...
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m6A-Seq數(shù)據(jù)質(zhì)量評估：trumpet包文章信息 文獻(xiàn)標(biāo)題：trumpet: transcriptome-guided quality assessment of m6A-seq da...
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APLS：表觀數(shù)據(jù)簡化可視化工具（必備）看到可視化的包，真的停不下來，就想先翻譯一邊先。 參考鏈接 APLS 全稱 AnaLysis routines for ePigenomicS ...
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使用 edgerTMM 算法對 bw 文件的均一化并且根據(jù) bigwig 文件和候選區(qū)域 bed 文件用 R 繪制熱圖鏈接來源 一切版權(quán)來源參考鏈接：此處只是用來記錄和不能出去的情況。 Tutorial: Normalization of BigWig file...
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