1.首先安裝eggnog-mapper軟件 注釋所需要的物種數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址如下，同時(shí)也可以用里面的腳本download_eggnog_data.py...
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構(gòu)建自己物種的orgDb
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KEGG分析工具：pathview基本操作什么是KEGG KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)是系統(tǒng)分析基因功能、基因組信息數(shù)據(jù)庫(kù)，...
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根據(jù)基因名稱批量提取基因序列實(shí)驗(yàn)中經(jīng)常需要從基因組中提取、序列用于設(shè)計(jì)引物，或者進(jìn)行基因功能研究等，之前看到別人使用的一個(gè)腳本，自己拿來用一下，感覺確實(shí)很方便 在網(wǎng)站[ht...
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Tools:seqkit快速多線程全平臺(tái)fastq處理工具
seqkit的使用方法[https://bioinf.shenwei.me/seqkit/]seqkit github[https://gith...
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【陪你學(xué)·生信】十二、RNA相關(guān)的簡(jiǎn)單分析
?本章將介紹一些極簡(jiǎn)單的RNA生信分析，如利用在線網(wǎng)站預(yù)測(cè)RNA分子二級(jí)結(jié)構(gòu)，分析非編碼RNA（non-coding RNA）等。前面我們講過D...
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R語(yǔ)言可視化（二十七）：序列l(wèi)ogo圖繪制27. 序列l(wèi)ogo圖繪制 清除當(dāng)前環(huán)境中的變量 設(shè)置工作目錄 使用seqLogo包繪制序列l(wèi)ogo圖 使用ggseqlogo包繪制序列l(wèi)ogo...
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聊聊“基因組共線性”最近看了幾篇關(guān)于共線性分析的微信/簡(jiǎn)書推送，發(fā)現(xiàn)不少研究人員把“編碼基因共線性”錯(cuò)誤地描述為“全基因組共線性”。這是兩個(gè)完全不同的概念，前者主要...
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數(shù)據(jù)庫(kù) | 基因組注釋導(dǎo)讀 從網(wǎng)上收集的一些數(shù)據(jù)庫(kù)信息，方便學(xué)習(xí)查看： VFDB PHI TCDB Swiss Prot Pfam GO eggnog-mapper:...
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基因組共線性工具M(jìn)CScanXMCScanX一般是做基因組之間的共線性 一、MCScanX安裝 MCScanX官網(wǎng)http://chibba.pgml.uga.edu/mcs...
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Phobius 跨膜蛋白
安裝Phobius： http://phobius.sbc.su.se/data.htmltar -xzvfphobius101_linux.t...
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