# 下載gtf：選擇的是ensembl的GRCh38.94.gtf： 下載地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/releas...
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提取基因長(zhǎng)度genelength
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挖掘PubMed數(shù)據(jù)庫(kù)，獲取報(bào)道的或推測(cè)新的基因調(diào)控關(guān)系
生信寶典之傻瓜式推出過基于Cytoscape的插件literature search進(jìn)行文獻(xiàn)挖掘查找指定基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的方。 近來發(fā)現(xiàn)一款神奇的在...
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本地安裝UCSC基因組瀏覽器
UCSC基因組瀏覽器在大規(guī)模高通量數(shù)據(jù)的可視化和比較分析研究中發(fā)揮著重要的作用。擁有了本地瀏覽器，就可以對(duì)自己的測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行更深入的分析和共享使...
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用UCSC Xena看癌癥基因的表達(dá)量及生存量UCSC Xena允許用戶探索基因組和/或表型變量之間相關(guān)性的功能基因組數(shù)據(jù)集。其囊括TCGA等多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)。我們以BRCA的C21orf5...
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UCSC基本使用技巧-找數(shù)據(jù)找到感興趣的基因組 打開UCSC，把鼠標(biāo)置于導(dǎo)航條的 “Genomes”; 從左邊的進(jìn)化樹中找到感興趣的并點(diǎn)擊，或者從genome下拉菜單中選中...
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在UCSC browser上查看ENCODE項(xiàng)目中的ChIP-seq數(shù)據(jù)以及FANTOM項(xiàng)目中的轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)可以用來分析上游可能結(jié)合的通路，具體打開方法如下： 1.打開http://genome.ucsc.edu/ENCODE/ 2.選View ENC...
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UCSC基因組瀏覽器系列最早的基因組瀏覽器，主要是為人類基因組設(shè)計(jì)的。Kent是基因組瀏覽器的設(shè)計(jì)者，有興趣可以瀏覽：https://users.soe.ucsc.ed...
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UCSC ENSEMBL NCBI基因組各個(gè)版本對(duì)應(yīng)關(guān)系 下載地址
一、對(duì)應(yīng)關(guān)系 NCBI的版本包括GRCh36,37,38，UCSC包括hg18,19,38, ENSEMBL有各種release，他們之間的對(duì)應(yīng)...
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從NCBI-SRA和EBI-ENA數(shù)據(jù)庫(kù)下載數(shù)據(jù)NCBI-SRA和EBI-ENA數(shù)據(jù)庫(kù) SRA數(shù)據(jù)庫(kù): Sequence Read Archive：隸屬NCBI (National Cente...
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NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)與工具
文獻(xiàn)類： PubMed ：Biomedical literature citations and abstracts生物醫(yī)學(xué)文獻(xiàn)引文和摘要 Pu...
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