在之前的步驟中，已經(jīng)篩選出感興趣的轉(zhuǎn)錄本信息，并添加了多種注釋了。接下來(lái)就可以做最后的分析了，比如哪個(gè)基因的轉(zhuǎn)錄本信息變化最大，如何變化。由于之...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.8IsoformSwitchAnalyzeR包（2） -
RNA-seq學(xué)習(xí)：No.7IsoformSwitchAnalyzeR包（1）IsoformSwitchAnalyzeR包是2019年才發(fā)布的一個(gè)分析包，更充分地發(fā)揮了RNA-seq數(shù)據(jù)的價(jià)值。學(xué)習(xí)筆記參考官方文檔，示例文...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.6富集分析--GESA如前所說(shuō)，過(guò)表達(dá)富集分析有不少缺點(diǎn)。因此以GSEA為代表的FCS方法也是人們所傾向的選擇。接下來(lái)將簡(jiǎn)單了解下方法原理，并利用差異分析數(shù)據(jù)實(shí)操一遍...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.5富集分析--ORF過(guò)表達(dá)1、基礎(chǔ)知識(shí) （1）基本概念 富集分析(enrichment analysis)簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是將成百上千個(gè)基因、蛋白或者其他分子分到不同的類中，以...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.4下游分析之DEseq2包差異分析基于上游分析獲得表達(dá)矩陣后，就可以進(jìn)行差異分析了，最基礎(chǔ)的莫過(guò)于利用DEseq2包尋找差異基因。學(xué)習(xí)自b站視頻生信技能樹轉(zhuǎn)錄組視頻~ 0、數(shù)據(jù)準(zhǔn)...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.3上游分析獲取表達(dá)矩陣
RNA-seq的上游分析主要基于Linux平臺(tái)，根據(jù)給定的fastq文件，經(jīng)過(guò)系列生信軟件處理最終得到表達(dá)矩陣的過(guò)程。原始數(shù)據(jù)文件一般可以從文獻(xiàn)...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.2測(cè)序基礎(chǔ)知識(shí)本次學(xué)習(xí)主要基于生信星球的文章測(cè)序的世界[http://m.itdecent.cn/p/101c14c3a1d2]，站在巨人的肩膀上學(xué)知識(shí)...
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RNA-seq學(xué)習(xí)：No.1什么是RNA-seq？RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，就是把mRNA，smallRNA等用高通量測(cè)序技術(shù)把它們的序列測(cè)出來(lái)，反映出它們的表達(dá)水平。 mRNA：信使me...
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