本分析從HISAT2比對(duì)的counts開始，先整合所有的counts數(shù)據(jù)，再獲取再半數(shù)以上樣本中CPM>1的基因，再進(jìn)行差異分析，pathway...
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RNA-seq分析至尊套餐
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SRA 數(shù)據(jù)下載自救指南還在羨慕海峽那邊的朋友下載SRA 快到飛起？還在難過(guò)用wget 下載數(shù)據(jù)經(jīng)常下載不完整？用了官方的下載工具還是慢的不行？這里有一個(gè)SRA 下載自...
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biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq數(shù)據(jù)分析了嘛?mRNA-seq是目前最常用的高通量測(cè)序技術(shù)，一般的用法就是看看基因表達(dá)譜，尋找差異表達(dá)的基因。我和高通量測(cè)序數(shù)據(jù)分析結(jié)緣，也是因?yàn)镽NA-se...
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轉(zhuǎn)錄組練習(xí)（3）原文地址：http://m.itdecent.cn/p/1174a53abe7d 作業(yè)要求 需要用安裝好的sratoolkit把sra文件...
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RNA-seq流程各階段軟件的最優(yōu)選擇RNA-seq如今已經(jīng)成了最受寵愛(ài)的生信分析了，而如今琳瑯滿目的各種生信軟件擺在具有新時(shí)代選擇困難癥的同學(xué)們眼前我們又犯難了。我們?cè)撨x擇哪套流程...
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h38構(gòu)建索引
先下載h38的參考基因組文件 一般情況下只要執(zhí)行以下命令即可： 但是，我這里要提取各條染色體排序。 好了，構(gòu)建完畢。 重點(diǎn)：samtools d...
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RNA-seq完整分析過(guò)程linux基本命令 第六章 Linux文件與目錄管理 極客學(xué)院服務(wù)器 高通量相關(guān)基礎(chǔ)知識(shí) 生信一百講 1、 Anaconda Anaconda是...
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轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝）
轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)一（軟件安裝） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)二（數(shù)據(jù)下載） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)三（數(shù)據(jù)質(zhì)控） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)五（...
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RNA-seq分析文章結(jié)果重現(xiàn)
文章：Temporal dynamics of gene expression and histone marks at the Arabido...
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RNA-seq(1) :用conda安裝RNA-seq所需要的工具
寫在前面: 來(lái)自生信技能樹《生信必修課之軟件安裝》學(xué)會(huì)用包管理工具安裝軟件 普通安裝和配置，請(qǐng)看這篇Linux下bowtie2安裝(非conda...
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