基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后，可以利用gffread軟件提取對(duì)應(yīng)的gene的cds，pep序列。應(yīng)運(yùn)而生...
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「基因組」基因組分析之鑒定基因類型 -
一起學(xué)畫圖：氣泡圖—常用于富集分析
公眾號(hào)原文點(diǎn)我[https://mp.weixin.qq.com/s/sVWseQoyxL5tEM5PDf-iuQ] Part 1 ：氣泡圖 氣...
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建細(xì)菌進(jìn)化樹(shù)的策略前面寫了16S rDNA進(jìn)化樹(shù)[http://m.itdecent.cn/p/1738195eb1aa]。關(guān)于細(xì)菌基因組水平，下面記錄這篇...
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mcmctree估算物種分歧時(shí)間基因序列中的密碼子隨著時(shí)間的推移以幾乎恒定的比例進(jìn)行替換，具有恒定的演化速率，因此兩個(gè)物種時(shí)間的遺傳距離與物種分歧時(shí)間成正比。 本文就利用mcm...
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MCMCTree 分析中的時(shí)間單位問(wèn)題——100百萬(wàn)年
先見(jiàn)教程：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/MCMCtree.Tutorials.pdf[http:/...
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超級(jí)爽！~精細(xì)比較近源物種 / 單倍型 / 基因組的神器！寫在前面 三年前，那時(shí)往“全國(guó)植物基因組會(huì)議”投個(gè)了摘要，也準(zhǔn)備了下墻報(bào)，有點(diǎn)期待能得到點(diǎn)認(rèn)可。當(dāng)然和以前一樣，優(yōu)秀跟我沒(méi)啥關(guān)系。這是結(jié)果，結(jié)果...
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基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建（下）最近剛返校，事情比較多，每天也很忙，之前寫的《基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建（上）》也一直沒(méi)來(lái)得及更新，缺少cafe輸出結(jié)果的解讀及后面...
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基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建（上）一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先，選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Di...
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OrthoFinder比較基因組確定基因家族簡(jiǎn)介OrthoFinder是用于比較基因組學(xué)的快速，準(zhǔn)確和全面的平臺(tái)。 它查找直系群和直系同源物，推斷所有直系群的根源基因樹(shù)，并識(shí)別這些基因樹(shù)中...
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Orthofinder運(yùn)行結(jié)果文件解讀OrthoFinder結(jié)果文件 運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)OrthoFinder會(huì)產(chǎn)生一系列文件：直系同源組、直系同源、基因樹(shù)、物種樹(shù)、基因復(fù)制事件、比較基因組學(xué)...
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