基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成,得到配套的基因組和注釋文件之后,可以利用gffread軟件提取對(duì)應(yīng)的gene的cds,pep序列。應(yīng)運(yùn)而生...
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基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成,得到配套的基因組和注釋文件之后,可以利用gffread軟件提取對(duì)應(yīng)的gene的cds,pep序列。應(yīng)運(yùn)而生...
公眾號(hào)原文點(diǎn)我[https://mp.weixin.qq.com/s/sVWseQoyxL5tEM5PDf-iuQ] Part 1 :氣泡圖 氣...
前面寫了16S rDNA進(jìn)化樹(shù)[http://m.itdecent.cn/p/1738195eb1aa]。關(guān)于細(xì)菌基因組水平,下面記錄這篇...
基因序列中的密碼子隨著時(shí)間的推移以幾乎恒定的比例進(jìn)行替換,具有恒定的演化速率,因此兩個(gè)物種時(shí)間的遺傳距離與物種分歧時(shí)間成正比。 本文就利用mcm...
先見(jiàn)教程:http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/MCMCtree.Tutorials.pdf[http:/...
寫在前面 三年前,那時(shí)往“全國(guó)植物基因組會(huì)議”投個(gè)了摘要,也準(zhǔn)備了下墻報(bào),有點(diǎn)期待能得到點(diǎn)認(rèn)可。當(dāng)然和以前一樣,優(yōu)秀跟我沒(méi)啥關(guān)系。這是結(jié)果,結(jié)果...
最近剛返校,事情比較多,每天也很忙,之前寫的《基因家族擴(kuò)張與收縮分析及物種進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建(上)》也一直沒(méi)來(lái)得及更新,缺少cafe輸出結(jié)果的解讀及后面...
一、數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 首先,選取不同物種的Protein數(shù)據(jù)集:Arabidopsis_thaliana.fa;Citrus_grandis.fa;Di...
簡(jiǎn)介OrthoFinder是用于比較基因組學(xué)的快速,準(zhǔn)確和全面的平臺(tái)。 它查找直系群和直系同源物,推斷所有直系群的根源基因樹(shù),并識(shí)別這些基因樹(shù)中...
OrthoFinder結(jié)果文件 運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)OrthoFinder會(huì)產(chǎn)生一系列文件:直系同源組、直系同源、基因樹(shù)、物種樹(shù)、基因復(fù)制事件、比較基因組學(xué)...