文章 Assembly of chloroplast genomes with long- and short-read data: a com...
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文獻(xiàn)筆記三十三：結(jié)合二代三代測(cè)序數(shù)據(jù)組裝葉綠體基因組 -
宏基因組 - (3)使用KofamKOALA對(duì)非冗余基因集進(jìn)行KEGG注釋0.僅作筆記使用 我所用到的所有腳本可以+Q 840842906索 簡(jiǎn)單介紹一下方向也可以，說(shuō)不定以后能互相幫忙～ 1. 這個(gè)工具有在線網(wǎng)頁(yè)版，...
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2020-07-03 常用有趣命令之?dāng)?shù)據(jù)處理
0.常見(jiàn)格式解壓縮 第一列相同時(shí)數(shù)據(jù)整理 2.某列相同時(shí)只保留某列最大的那一行 3.最強(qiáng)多行變一行 4.求某列數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)差，方差，均值，樣本數(shù)（...
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組間差異檢驗(yàn)，終于有人講清楚了!什么是組間差異檢驗(yàn)？就是組間的差異分析以及顯著性檢驗(yàn)，應(yīng)用統(tǒng)計(jì)學(xué)上的假設(shè)檢驗(yàn)方法，檢驗(yàn)組間是否有差異及其差異程度。坦率地講，所有的差異檢驗(yàn)都基于...
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宏基因組之基因組裝背景 宏基因組組裝，即把短的reads拼裝成連續(xù)的序列contig，再根據(jù)PE等關(guān)系將contig拼裝成scaffold。與單個(gè)基因組組裝不同，...
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宏基因組物種分類、組裝、分箱方法導(dǎo)讀 Briefings in Bioinformatics 2017年的一篇文章羅列了宏基因組物種分類、組裝、分箱絕大多數(shù)方法，值得參考。 文...
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宏基因組 + 宏轉(zhuǎn)錄組工具盤點(diǎn)比較導(dǎo)讀 這是一篇來(lái)自Briefings in Bioinformatics 2018的綜述。該綜述比較了宏基因組宏轉(zhuǎn)錄組分析的所有方法，值得參考。...
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QUAST評(píng)估基因組組裝質(zhì)量QUAST是評(píng)估基因組組裝質(zhì)量的常用工具，可計(jì)算N50等contig基本信息（without reference），也可通過(guò)比對(duì)參考基因組計(jì)算f...
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MetaPhlAn3宏基因組物種注釋相比version2，version3數(shù)據(jù)庫(kù)拓了很多，還有3支持自建數(shù)據(jù)庫(kù)了。 Github: https://github.com/bioba...
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【宏基因組入門教程】（一）
最近接手了宏基因項(xiàng)目，會(huì)在之后接著發(fā)一系列的宏基因組入門教程，學(xué)習(xí)資料大概來(lái)自國(guó)外的教程。感謝Harriet Alexander, Phil B...
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