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轉(zhuǎn)錄組第五天 -
轉(zhuǎn)錄組day4轉(zhuǎn)錄組
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day5--善良土豆DAY5學(xué)習(xí)內(nèi)容：過濾和比對 過濾 通過DAY4_fastqc結(jié)果，我們開始對數(shù)據(jù)進行過濾，主要是去除接頭和低質(zhì)量堿基，一般使用兩種軟件可以完成...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day5--郝志剛數(shù)據(jù)過濾 簡介： 目的去掉低質(zhì)量的堿基或接頭，一般使用兩款軟件：trim_galore和trimmomatic,他們的去除是從不合格的位置往后全...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day5——賣萌哥開始忙碌起來，作業(yè)可能沒法扯那么多閑話了。 數(shù)據(jù)質(zhì)控 昨天完成了數(shù)據(jù)格式的轉(zhuǎn)換，接下來就可以對得到的fastq文件進行處理啦。由于數(shù)據(jù)的問題，本...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day4--善良土豆今天將會用到第二天建立的rnaseq環(huán)境及對應(yīng)文件路徑和Day3下載好的.sra數(shù)據(jù) 今天主要學(xué)習(xí)內(nèi)容是配置相關(guān)軟件環(huán)境，開始數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換，質(zhì)量控制...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day4--郝志剛軟件環(huán)境 數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換： 將SRA轉(zhuǎn)變?yōu)閒q格式。用到軟件fastq-dump,它屬于sratools工具包中的一個。 數(shù)據(jù)質(zhì)控：檢測原始數(shù)據(jù)質(zhì)量如...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day4——賣萌哥
今天開始正式進入RNA-seq分析啦~ 軟件安裝 由于昨天就已經(jīng)創(chuàng)建好了新的conda的環(huán)境，所以今天只要把用到的軟件都裝一下就好了。 把要安裝...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day3——賣萌哥閑言碎語 從今天開始轉(zhuǎn)錄組學(xué)習(xí)進入正題啦。要重現(xiàn)的文章是 RNA-Seq Transcriptome Profiling Identifies ...
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生信星球轉(zhuǎn)錄組培訓(xùn)第一期Day3--善良土豆端午安康 今天轉(zhuǎn)錄學(xué)習(xí)第三天，開始進入實戰(zhàn)的第一步----數(shù)據(jù)查找和下載 今天要被自己蠢哭了，自己挖坑自己跳，還給自己埋了2個多小時，真的不夸張...
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