- Stock KF, Hoeschele I, Distl O. Estimation of genetic parameters and prediction of breeding values for multivariate threshold and continuous data in a simulated horse population using Gibbs sampling and residual maximum likelihood. J. Anim. Breed. Genet. 2007;124:308–19.
模擬馬數(shù)據(jù)用于比較遺傳參數(shù)的多變量估計和使用線性動物模型通過殘差最大似然（REML）和最佳線性無偏預測（BLUP）和混合線性預測（BLUP）的分類，連續(xù)和分子遺傳數(shù)據(jù)的育種值通過Gibbs采樣（GS）閾值動物模型。模擬包括對一個連續(xù)性狀，四個二元性狀的負荷，數(shù)量性狀基因座（QTL）效應和具有不同重組率的遺傳標記和一個負債的多態(tài)性信息內(nèi)容的附加遺傳值，殘差??和固定效應。分析的數(shù)據(jù)集在具有性狀記錄的動物數(shù)量和遺傳標記信息的可用性方面不同。在模型中的遺傳標記信息的考慮導致對QTL性狀的遺傳性的顯著過高估計。如果使用10,000或5,000只動物的信息，遺傳力的偏差和加性遺傳相關性大多較小，真實和預測的BV之間的相關性總是較高，并且基因上和較低的動物的鑒定 - 關于中等可遺傳性狀，在許多病例 - GS比REML / BLUP更可靠。如果僅使用1,000只動物的信息，GS和REML / BLUP都不產(chǎn)生所有性狀的相對偏差<或= 25％和BV相關性> 50％的遺傳參數(shù)估計。二元性狀的選擇決定應基于GS而不是基于REML / BLUP育種值。
介紹
動物育種中的許多重要特征是使用離散類別記錄的。健康性狀通常是二元的，僅在受影響的動物和不受疾病影響的動物之間有區(qū)別。在Warmblood騎乘馬中，機車系統(tǒng)的強度是可用性和耐用性的主要決定因素。年輕馬肢體中不合需要的放射圖像結果的高流行性引起了對遺傳學背景和遺傳評價和選擇放射學上良好的馬蹄的機會的相當大的關注和動機研究。殘余最大似然（REML）被考慮為幾個作者選擇的方法（例如Meyer 1991），并且仍然是最廣泛使用的方差分量估計方法（Magn- abosco等人，2000）。然而，使用線性模型和REML用于分類數(shù)據(jù)的遺傳分析忽略了它們的非線性分布，并導致遺傳力和殘留相關性的低估，需要通過從估計值到觀察到的潛在責任量表的轉換來補償Gianola 1982）。這種基于閾值概念（Wright 1934）的轉化對中度流行的性狀最有效，但可能導致極度流行的性狀的偏差結果（Stock et al。2005）。然后可以通過最佳線性無偏預測（BLUP）將未重組或轉化（共）方差矩陣用于遺傳評估。貝葉斯馬爾可夫鏈蒙特卡羅（MCMC）方法，如吉布斯取樣（GS）提供了一種替代方法進行遺傳分析的屬性特征。利用該算法，可以使用用于同時估計（共）方差的閾值模型和用于分類性狀的育種值的預測。 GS的進一步發(fā)展包括提供后驗分布而不是點估計，并與其他MCMC方法相比減少了大型數(shù)據(jù)集分析的計算工作量。然而，Gibbs鏈的收斂和混合依賴于數(shù)據(jù)結構，并且在馬中通常遇到的設置中的多個分類性狀的GS結果的可靠性還沒有被研究。因此，這項研究的目的是使用模擬表型和基因馬數(shù)據(jù)對多個分類性狀比較方差組件估計和遺傳評估與多變量線性動物模型使用REML和BLUP結合的結果轉化和使用GS的多變量動物閾值模型。
