寫在前面

知道我的朋友，相信都有了解，元旦假期某晚凌晨，我突發(fā)起來(lái)，折騰了一個(gè)困擾我很久很久的問(wèn)題，并解決了他。
2015年，TBtools 開(kāi)發(fā)之前，我寫過(guò)一個(gè) Blast3GO，主要用于 GO 注釋，富集分析以及可視化。Blast3GO 實(shí)現(xiàn)的這些功能，基本都是調(diào)用環(huán)境中的 R，于是存在四大問(wèn)題：

1. 依賴用戶環(huán)境中的 R語(yǔ)言，換句話說(shuō)，要求用戶自己安裝 R
2. 存在破壞用戶原有 R 語(yǔ)言環(huán)境的可能
3. 無(wú)法實(shí)現(xiàn)絕對(duì)的版本控制，以至于無(wú)法保證用戶體驗(yàn)
4. 確實(shí)不穩(wěn)定....

這些經(jīng)歷，使得我在開(kāi)發(fā) TBtools 之后，追求絕對(duì)純粹的 Java 實(shí)現(xiàn)。于是 TBtools 得以獲得某種程度的 便攜，簡(jiǎn)單，簡(jiǎn)潔，高效。為了解決可視化問(wèn)題，我自己從零實(shí)現(xiàn)了一個(gè)繪圖引擎，也就是大伙知道的 JIGplot，并一直堅(jiān)持優(yōu)化。所以，我一直不想去打包任何可以不打包的軟件，更希望自己實(shí)現(xiàn)。
然而，幾年過(guò)去了，我越來(lái)發(fā)現(xiàn)，每個(gè)人的時(shí)間，精力是絕對(duì)有限的。我可以自己寫很多功能，卻無(wú)法做到絕對(duì)的全面，比如轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析中的差異表達(dá)分析。我們幾乎可以下個(gè)結(jié)論，幾乎全部差異表達(dá)分析軟件，都是 R 包（盡管大伙還是知道有 gfold 的）。于是，我只有兩個(gè)選擇：

1. 自己寫，這個(gè)不可能，也沒(méi)有意義，畢竟這個(gè)輪子造起來(lái)也不一定能得到認(rèn)可，他不比可視化
2. 打包 R，windows下很簡(jiǎn)單，但是 macOS 呢？TBtools 至少有 10% 的用戶是 MacOS 用戶

我希望的是 TBtools 繼續(xù)保持他的跨平臺(tái)，所以所有功能都是至少支持 windows + MacOS?？梢哉f(shuō)，元旦假期，我所有抽得出來(lái)的時(shí)間，加上我在過(guò)去一兩年，嘗試失敗，再嘗試再失敗，還嘗試還失敗，繼續(xù)嘗試，繼續(xù)失敗的數(shù)次，得到的就是一個(gè)簡(jiǎn)單的東西。TBtools 的新插件“Rserver”。

插曲 - 更新 TBtools 版本

11月底，去版納植物園做了一場(chǎng) TBtools 培訓(xùn)，培訓(xùn)期間發(fā)現(xiàn)，TBtools 的插件安裝存在兩個(gè)優(yōu)化的點(diǎn)：

1. MacOS 的插件選擇界面，拖拽面板還是遮擋了文件選擇面板，這塊之前在邵揚(yáng)的提醒和幫助下，原本是修復(fù)的，只是....代碼忘記啟動(dòng)。改動(dòng)前

   
   

2. TBtools 插件分為兩類：小插件，無(wú)依賴，僅.jar文件。對(duì)于小插件，除非用戶確實(shí)沒(méi)事做，回去解壓出來(lái)（盡管也沒(méi)啥用），否則都是順利安裝；大插件，有依賴，于是我一般打包成.zip文件，然而還是存在不少人習(xí)慣性解壓縮，最后導(dǎo)致插件沒(méi)有完整安裝。這不是好事。但可以理解，畢竟，任何人看到壓縮包（尤其是圖標(biāo)對(duì)應(yīng)上了）的第一反應(yīng)是解壓縮。改動(dòng)前，
   

   
   針對(duì)這兩點(diǎn)，我做了優(yōu)化。首先是 MacOS 的插件安裝面板代碼生效；
   
   
   其次是進(jìn)一步支持了難以被自動(dòng)識(shí)別的文件后綴.plugin....這樣我相信就不會(huì)被解壓縮了...
   

Rserver 插件的安裝

目前這個(gè)插件已經(jīng)釋放到所有 TBtools 使用交流群（1-7，Emmm，數(shù)了一下，又回復(fù)到之前的狀態(tài)，不過(guò)現(xiàn)在大伙都實(shí)名了，我相信應(yīng)該好得多）。直接在群共享下載最新版本的 TBtools_JRE1.6.jar，這個(gè) jar。更新到 TBtools v1.074。當(dāng)然，如果你不更新，那就記得下載 Rserver.zip，反正主程序跟插件耦合程度極低。
OK，拿到這個(gè)插件。就可以安裝。首先打開(kāi) TBtools

插件的使用

Rserver 插件，我原本想做的只是一個(gè)差異表達(dá)分析插件，但從插件的體積來(lái)看，這樣并不合適。畢竟以后任何人愿意貢獻(xiàn)出 R語(yǔ)言 腳本的，都可以制備成 TBtools 插件并分發(fā)。于是，我調(diào)整計(jì)劃，直接將 Rserver 插件作為一個(gè)將會(huì)被其他所有 R腳本 插件所依賴的插件來(lái)開(kāi)發(fā)。完美。這樣我只需要細(xì)調(diào)測(cè)試插件即可（注意到，盡管我們有1w+人的社群，但我只召集到不超過(guò)20個(gè) MacOS 用戶幫忙測(cè)試；windows不用）。
使用插件非常簡(jiǎn)單，首先是打開(kāi)插件

https://www.rdocumentation.org/packages/stats/versions/3.6.2/topics/p.adjust

網(wǎng)頁(yè)上的這段代碼（邵揚(yáng)提到的）...

image.png

關(guān)于拓展

我們完全可以預(yù)見(jiàn)這個(gè)插件將會(huì)帶來(lái)的功能絕對(duì)拓展：

1. 只要一個(gè) TBtools 用戶能跑的 R碼，換另一個(gè) TBtools 用戶，一樣能跑，因?yàn)槠脚_(tái)完全固定
2. 對(duì)于 R腳本來(lái)說(shuō)，絕大多數(shù)用戶進(jìn)行修改的，往往只是輸入輸出文件，這點(diǎn)完全可以通過(guò) TBtools 快速打一個(gè) GUI 界面（）
3. Rserver 插件也直接支持用戶原始的 R腳本代碼，換句話說(shuō)，可以寫 R包依賴檢測(cè)與安裝，可以直接在代碼中設(shè)置輸入輸出文件或目錄.... 甚至可以.....

寫在后面

昨晚我陪吳老師看了一場(chǎng)電影。這是兩年來(lái)我們第一次能抽出時(shí)間看的一場(chǎng)完整的電影（盡管票價(jià)不低，35一張）?？ㄍ娪斑€不錯(cuò)，最近似乎有點(diǎn)火的，《心靈奇旅》。從我的角度來(lái)看，這部電影傳達(dá)一個(gè)理念或許就是：享受生活，活在當(dāng)下。
當(dāng)然，這并不太準(zhǔn)確。我們討論了一會(huì)，多少讓我想起了我似乎從小學(xué)就開(kāi)始在思考的問(wèn)題。即，

活著，為了什么？當(dāng)然史鐵生在《我與地壇》給出了一個(gè)不錯(cuò)的答案死是一件不必急于求成的事。
這段時(shí)間一直在路上，或許人生就是在路上。

《心靈奇旅》一條主線，演繹了兩類人：

1. 人生中只有目標(biāo)
2. 人生中毫無(wú)目標(biāo)

當(dāng)然，什么才是人生目標(biāo)？就不劇透了，大伙感興趣的可以看看。
回到主題。
關(guān)于 TBtools 的開(kāi)發(fā)，盡管我一直有源源不斷的新的開(kāi)發(fā)想法，但如果說(shuō)我馬上進(jìn)入工作，無(wú)法在其上投入過(guò)多。那么我會(huì)留下的只有兩個(gè)遺憾：

1. 我希望能提供一個(gè)可能，TBtools 用戶能夠在相互分享 TBtools 相關(guān)的內(nèi)容，以前我想過(guò)是卡通熱圖，后來(lái)...總之一直想一直失敗，但現(xiàn)在，我想 Rserver 插件馬上會(huì)提供這個(gè)可能。
2. 我寫過(guò) EasyGUI 或 AutoGUI，這兩個(gè)實(shí)現(xiàn)和想法，我一直沒(méi)有放下，然而他們似乎并無(wú)用武之地 。但現(xiàn)在不會(huì)了，我相信很快，這些想法也會(huì)用上。

有時(shí)候，或許從技術(shù)層面來(lái)說(shuō)，你學(xué)過(guò)的想過(guò)的每一個(gè)點(diǎn)，都可能不會(huì)是白費(fèi)功夫。