按照標(biāo)準(zhǔn)流程對(duì)GEO上下的數(shù)據(jù)進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，差異分析，富集分析
到enrichKEGG的這一步的時(shí)候就出現(xiàn)了Error。
ekegg <- enrichKEGG(diff_gene_DESeq_transID$ENTREZID,
keyType = "kegg",organism = "mmu",pvalueCutoff = 0.05,pAdjustMethod = "BH",qvalueCutoff = 0.1)
Error in download.KEGG.Path(species) :
'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...
提示我輸入的物種縮寫(xiě)名錯(cuò)了，必須是KEGG網(wǎng)站上的名字，但是我輸?shù)?"mmu"就是小鼠對(duì)應(yīng)的縮寫(xiě)名。
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之前也遇到過(guò)類似的問(wèn)題，在網(wǎng)上搜了好久，也在一些數(shù)據(jù)分析群里請(qǐng)教了一下，好像大家都沒(méi)有遇到。剛好之前GOOGLE也沒(méi)法用了，于是一直沒(méi)法解決，轉(zhuǎn)站DAVID先勉強(qiáng)看了看結(jié)果。
前幾天又能上GOOGLE了，搜到一個(gè)這么說(shuō)的，略長(zhǎng)。大概可能是我的R版本以及clusterProfiler包的版本太高，一些支持的包沒(méi)有更新，版本沒(méi)有跟上。
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可以用sessioninfo（）查看一下各種支持包相關(guān)包的版本
但是clusterProfiler包的支持包太多，看不太懂各種包。于是我準(zhǔn)備重新裝一下clusterProfiler包，想著在裝clusterProfiler包的時(shí)候其他相關(guān)包也會(huì)一起更新的。但是裝包的過(guò)程也是令人抓狂，各種出錯(cuò)。于是我又準(zhǔn)備只重新裝一下幾個(gè)比較重要的支持包。但是我不知道那幾個(gè)是最重要的，或者是在enrichKEGG中發(fā)揮作用的。于是我就隨便挑了幾個(gè)包，安裝過(guò)程同樣令人抓狂。在安裝的期間，有包安裝成功了我就會(huì)重新試跑一下enrichKEGG，試了幾天突然就能用了。還是不知道哪個(gè)包的作用。
今天用enrichKEGG，一樣的流程，又報(bào)錯(cuò)了，還是一樣的錯(cuò)誤。于是今天試了一下先加載DO.db包，再跑enrichKEGG，然后就跑通了。
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目前還沒(méi)有去查DO.db包的功能和用法，之后需要了解一下clusterProfiler包的重要支持包們以及它們的功能和用法。
