gatk DepthOfCoverage \
--input ../duplicates_marked_sorted_fixed.BQSR.bam \
-L whole_exome_illumina_hg38.targets.interval_list \
-O test.coverage.csv \
--create-output-variant-index \
-R Homo_sapiens_assembly38.fasta \
--output-format CSV \
--print-base-counts \
--QUIET
DepthOfCoverage會輸出7個文本結果。其中一個是按照interval上的每個堿基，輸出一行統(tǒng)計信息，所以會比較慢：
.DepthOfCoverage.txt結果
image.png
DepthOfCoverage為基因組上的每個堿基輸出一行結果，這導致結果文件太大，而且運行速度極慢，如果不需要每個堿基，則可以設置--omit-depth-output-at-each-base，
.sample_interval_summary結果：
image.png
.sample_summary結果：
image.png
.sample_interval_statistics結果
image.png
.sample_statistics結果：
image.png
.sample_cumulative_coverage_counts結果：
image.png
另外如果可以將interval list拆分成更多的話，區(qū)間統(tǒng)計能夠合并，但是GATK不能輸出合并的結果
按照每個堿基的深度結果，可以寫腳本處理成為按染色體統(tǒng)計深度，和覆蓋度的表格：
image.png
最后用統(tǒng)計結果畫圖：
coverage and depth.png
