事情源于，我在寫腳本的時候，在腳本里面插入了一句 conda activate 環(huán)境名, 然后出現(xiàn)如下的報(bào)錯提示

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

conda認(rèn)為我沒有初始化環(huán)境，我腳本是在bash環(huán)境下運(yùn)行的，我也用conda init bash初始化過。因此，問題肯定不是出在這里。

利用關(guān)鍵詞"conda activate in bash script"檢索，我找到了兩種解決方法。

方法1: 在腳本中多加一句

source $HOME/miniconda/etc/profile.d/conda.sh

注意，我的conda是安裝在家目錄下的miniconda目錄中，對于非家目錄的安裝方式，要修改 $HOME/miniconda。

方法2: 我們可以通過 conda run 來運(yùn)行給定環(huán)境下的命令，假如，我們安裝了一個環(huán)境rna-seq, 里面有一個程序叫做STAR, 我們可以隨便寫一個tmp.sh腳本，內(nèi)容為

conda run -n rna-seq STAR --help

那么，此時運(yùn)行 bash tmp.sh 就不會報(bào)錯。也就是說，你并不是一定要用conda activate 啟動環(huán)境，才能調(diào)用命令，你其實(shí)可以調(diào)用某個環(huán)境的給定指令。

方法2相對于方法1有個非常大的優(yōu)勢，那就是，如果你有多個不同python版本的環(huán)境，你不用擔(dān)心寫腳本的時候?qū)懥藛?，但是忘了寫退出。你只需要在原來的代碼前加上一句， conda run -n 環(huán)境名。

• calling conda source activate from bash script
• activating conda environment in within a shell script