DNA-seq（maybe不需要拆分比對）：bowtie；bowtie2；BWA
RNA-seq（maybe需要拆分比對的）：STAR；HISAT2；Tophat
bowtie和bowtie2，是兩個不同類型的比對工具，bowtie2并非是bowtie的升級。尺有所長寸有所短，bowtie適合長度在50b長度以內(nèi)的reads比對，而bowtie2適合50-100b，甚至更長的reads比對。
Tophat/Tophat2調(diào)用bowtie/bowtie2，Tophat2是Tophat的升級版；
HISAT2是Tophat2的升級版。HISAT2不僅支持RNA-seq的比對還支持DNA-seq比對，唯一需要做的就是加上一個參數(shù)--no-spliced-alignment。但是就目前來看，大部分人都是使用HISAT2做RNA-seq，沒人使用它做DNA-seq
幾款RNA-seq工具的比較：
《Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis》這篇文章可以稱之為史上最全RNA-seq測評。對于RNA-seq的方方面面都進行了比較。
HISAT2，他的junction正確率最高，但是靈敏度相對較低。而STAR靈敏度更高，但是會有許多包含soft-clip的低質(zhì)量比對。此外，STAR的unique mapping比例最高，它對于雙端測序的reads，要么全部比對上，要么全部拋棄，不會像像TopHat和HISAT2一樣只比對上某一個reads。
最后這篇文章還給了一個它認(rèn)為比較好的RN-seq組合方式：
比對用HISAT2
reads count方法定量，采用FeatureCounts
差異表達選用DESeq2
