作者，Evil Genius~~
新的一周，天氣變冷了，大家努力科研工作的同時(shí)，注意保暖，畢竟身體是革命的本錢。
相比較單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，ATAC和VDJ的文章相對較少，當(dāng)然了，分析起來也沒有單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組那么容易，所以就導(dǎo)致了一般大家做單細(xì)胞都是3端轉(zhuǎn)錄組，ATAC和VDJ一般不考慮，不考慮不代表不重要，只是ATAC和VDJ需要更深的研究背景，更強(qiáng)的科研和分析能力。說起這方面，不得不說國外的研究者比國內(nèi)要專業(yè)的多。
好了，這一篇我們來匯總一下單細(xì)胞VDJ的分析，希望大家不要非在單細(xì)胞3端轉(zhuǎn)錄組上卷，畢竟ATAC和VDJ做的人不多，路比較寬，稍微走一走，就會(huì)達(dá)到事半功倍的效果，如果非要在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組上卷，那付出的努力要更多才行，而且往往是事倍功半。
當(dāng)然免疫相關(guān)的分析我也專業(yè)性不強(qiáng)，這也從側(cè)面說明了VDJ分析的巨大潛力和研究價(jià)值，希望大家能在寬松的賽道上飛奔，而不是在單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組賽道上堵車。腫瘤細(xì)胞通過基因突變產(chǎn)生新抗原（Neoantigen），新抗原通過MHC分子呈現(xiàn)在細(xì)胞表面，隨后被T細(xì)胞識(shí)別。新抗原具有很強(qiáng)的免疫原性，因?yàn)樗鼈冎淮嬖谟谀[瘤中，而不存在于正常組織中。然而，大多數(shù)新抗原是獨(dú)一無二的，患者之間存在差異，因此新抗原疫苗需要作為個(gè)性化疫苗專門為每個(gè)患者生產(chǎn)，這也限制了其臨床應(yīng)用。
文章Single-cell profiles reveal distinctive immune response in atopic dermatitis in contrast to psoriasis
雜志：Allergy
時(shí)間：2022年9月
樣本類型: skin and pbmc
取樣策略：不同條件下的皮膚樣本和pbmc樣本（兩組皮膚病，輕型和重型分別取樣）
分析策略：兩組病人（PS and AD），血液樣本和皮膚樣本分開整合注釋（所以不要一味的做整合分析）。
TCR分析策略：克隆豐度及組織部位之間的共享克隆(注意這里比較了相同細(xì)胞類型的TCR分布差異，不同病人及不同組織部位之間的差異，體現(xiàn)不同病人、不同組織部位之間的免疫特征)
文章A CMV-induced adaptive human Vδ1+ γδ T cell clone recognizes HLA-DR
雜志：Journal of experimental medicine
時(shí)間：2022年9月
樣本類型: pbmc(individuals or HSCT patients)
VDJ分析策略：VDJ單基因豐度分析（這個(gè)主要是不同條件下計(jì)算出來的VDJ差異基因）、差異VDJ豐度的組合變化
識(shí)別出豐度變化的VDJ基因的配體序列（這個(gè)需要實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證了）
Identification of HLA-DR as a ligand for TCR04 and TCR05
識(shí)別出VDJ的配體之后，就可以分析HLA-DR激活的VDJ序列組成
Requirements for γδ TCR activation by HLA-DR
總之一句話，先分析VDJ單基因的差異，然后對V、D、J分析到的豐度變化的基因看是否是VDJ組合，通過這種組合推斷上有的配體（這一步最難），進(jìn)而指導(dǎo)臨床應(yīng)用。
文章Midkine expression by stem-like tumor cells drives persistence to mTOR inhibition and an immune-suppressive microenvironment，這篇文章希望大家認(rèn)真讀一讀。
雜志：Nature Communications
時(shí)間：2022年8月
樣本類型：angiomyolipoma tumor and normal
VDJ分析策略：細(xì)胞亞型之間的克隆相關(guān)性及分化軌跡（主要查看腫瘤組織內(nèi)的 T-cell clonal expansion）
文章scRNA-seq of gastric tumor shows complex intercellular interaction with an alternative T cell exhaustion trajectory
雜志：Nature Communications
時(shí)間：2022年8月
樣本類型: gastric tumor 、臨近tumor的組織，pbmc
取樣策略及基礎(chǔ)注釋
VDJ分析策略：VDJ豐度，VDJ共享序列分析，VDJ序列與軌跡分析相結(jié)合分析變化（克隆遷移）
文章TDO2+ myofibroblasts mediate immune suppression in malignant transformation of squamous cell carcinoma
雜志：Journal of Clinical Investigation
時(shí)間：2022年7月
樣本類型: 鱗狀細(xì)胞癌
取樣策略:
VDJ分析策略：克隆豐度的變化，尤其是在演化過程中的變化
文章Integrated transcriptome and trajectory analysis of cutaneous T-cell lymphoma identifies putative precancer populations
時(shí)間：2022年8月
雜志：Blood Advances
分析策略：
VDJ分析策略：首先豐度分析
細(xì)胞演化過程的VDJ豐度變化
文章Single‐cell transcriptomic atlas reveals distinct immunological responses between COVID‐19 vaccine and natural SARS‐CoV‐2 infection
時(shí)間：Jul 2022
雜志：Journal of Medical Virology
樣本類型：pbmc（新冠）
基礎(chǔ)分析策略 + 基礎(chǔ)注釋
VDJ分析策略：BCR和VDJ序列組合的變化
文章Single-Cell Sequencing Reveals Trajectory of Tumor-Infiltrating Lymphocyte States in Pancreatic Cancer
時(shí)間：Jul 2022
雜志：Cancer Discovery
樣本類型：Pancreatic ductal adenocarcinoma（normal 和 tumor）
基礎(chǔ)分析策略：
VDJ分析策略：軌跡分析 + VDJ豐度變化
文章Integration of tumor extrinsic and intrinsic features associates with immunotherapy response in non-small cell lung cancer
時(shí)間：Nature Communications
雜志：2022年7月
樣本類型：non-small cell lung cancer
VDJ分析策略：克隆類型的擴(kuò)增分析
文章Single-cell immunoprofiling after immunotherapy for allergic rhinitis reveals functional suppression of pathogenic TH2 cells and clonal conversion
時(shí)間：2022年6月
雜志：Journal of Allergy and Clinical Immunology
樣本類型：Allergic rhinitis
VDJ分析策略：不同反應(yīng)病人的VDJ主要序列的變化
同時(shí)也伴隨著軌跡分析過程中克隆擴(kuò)增的變化
