今天在使用CMplot畫曼哈頓圖時遇到一個bug：
Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) stop("p values should be at range of (0, 1).") :
missing value where TRUE/FALSE needed

> pmap <- read.csv("pmap.csv")
> CMplot(pmap, threshold = threshold, amplify = F, memo = "", file = "tiff", plot.type=c("m","q"))
Error in if (sum(pvalueT <= 0) != 0 || sum(pvalueT > 1) != 0) stop("p values should be at range of (0, 1).") : 
  missing value where TRUE/FALSE needed

看字面的意思是p值需要在（0-1）之間，去檢查了原始數據，沒有在范圍外的，猜想可能是最近換了電腦，R版本的問題。回到舊電腦，R版本4.0.4，畫圖沒有報錯。新電腦R版本4.2.0報錯，更換到4.0.4依舊報錯。那只能猜想是CMplot版本的問題。

查看舊電腦中CMplot版本，Version：3.6.2

DESCRIPTION_old

查看新電腦中CMplot版本，Version：4.0.0

DESCRIPTION_new

果然，可以確定是CMplot版本的問題了，隨后解決問題。

1.檢查數據：

> any(is.na(pmap))
[1] TRUE

存在缺失值

2.刪除缺失值所在行

> pmap<-na.omit(pmap)

3.再次檢查數據

> any(is.na(pmap))
[1] FALSE

4.重新繪圖

> CMplot(pmap, threshold = threshold, amplify = F, memo = "", file = "tiff", plot.type=c("m","q"))

繪圖成功~~

總結：2022-01-13之后下載的CMplot不支持數據中有缺失值，需要剔除再進行繪圖。

如果有遇到相同問題的小伙伴，希望我今天踩的坑，可以幫到你們！

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