當(dāng)存在多個樣本的bam文件時，可以通過SAMtools的merge命令實現(xiàn)。

官方說明書：
http://www.htslib.org/doc/samtools-merge.html

基礎(chǔ)用法

samtools merge要求是對排序后的bam文件進(jìn)行合并，生成和現(xiàn)在順序一樣的bam文件。需要注意的是，bam文件需要有.bai索引。

samtools merge [options] -o out.bam [options] in1.bam ... inN.bam

或者：

samtools merge [options] out.bam in1.bam ... inN.bam

option

• -h FILE
  Use the lines of FILE as `@' headers to be copied to out.bam, replacing any header lines that would otherwise be copied from in1.bam. (FILE is actually in SAM format, though any alignment records it may contain are ignored.)
  指定FILE內(nèi)的’@’的RG表頭，復(fù)制到輸出bam文件中，并替換輸出文件的文件頭。

• -r
  Attach an RG tag to each alignment. The tag value is inferred from file names.
  使RG標(biāo)簽添加到每一個比對文件上，標(biāo)簽值來自文件名；

舉例：

生成一個rg.txt的文件，并賦值給合并后的bam文件。

$ perl -e 'print "@RG\\tID:ga\\tSM:hs\\tLB:ga\\tPL:Illumina\\n@RG\\tID:454\\tSM:hs\\tLB:454\\tPL:454\\n"' > rg.txt
$ samtools merge -rh rg.txt merged.bam ga.bam 454.bam

實例：

$ samtools merge \
        -o CPF1_CE.rg.sort.dup.bam \
        CPF1_R1_CE.rg.sort.dup.bam \
        CPF1_R2_CE.rg.sort.dup.bam \
        CPF1_R3_CE.rg.sort.dup.bam

$ samtools view -H CPF1_CE.rg.sort.dup.bam | grep '@RG'
@RG     ID:CPF1_R1_CE   LB:lib1 PL:illumina     SM:CPF1_R1_CE   PU:unit1
@RG     ID:CPF1_R2_CE   LB:lib1 PL:illumina     SM:CPF1_R2_CE   PU:unit1
@RG     ID:CPF1_R3_CE   LB:lib1 PL:illumina     SM:CPF1_R3_CE   PU:unit1

引用轉(zhuǎn)載請注明出處，如有錯誤敬請指出。