上一篇GSEA可以做什么之后，繼續(xù)進(jìn)行結(jié)果解讀

1 Enrichment score（ES）

ES是GSEA最初的結(jié)果，反應(yīng)全部雜交data排序后，在此序列top或bottom富集的程度。
ES原理：掃描排序序列，當(dāng)出現(xiàn)一個(gè)功能集中的gene時(shí)，增加ES值，反之減少ES值，所以ES是個(gè)動(dòng)態(tài)值。最終ES的確定是講雜交數(shù)據(jù)排序序列所在位置定義為0，ES值定義為距離排序序列的最大偏差.
ES為正，表示某一功能gene集富集在排序序列前方
ES為負(fù)，表示某一功能gene集富集在排序序列后方。
圖中的最高點(diǎn)為此通路的ES值，中間表示雜交數(shù)據(jù)的排序序列。豎線表示此通路中出現(xiàn)的芯片數(shù)據(jù)集中的gene。

2 NES

由于ES是根據(jù)分析的數(shù)據(jù)集中的gene是否在一個(gè)功能gene set中出現(xiàn)來計(jì)算的，但各個(gè)功能gene set中包含的gene數(shù)目不同，且不同功能gene set與data之間的相關(guān)性也不同，因此，比較data set在不同功能gene set中的富集程度要對ES進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理，，也就是NES
NES=某一功能gene set的ES/數(shù)據(jù)集所有隨機(jī)組合得到的ES平均值
NES是主要的統(tǒng)計(jì)量。

3 FDR

NES確定后，判斷其中可能包含的錯(cuò)誤陽性發(fā)現(xiàn)率。FDR=25%意味著對此NES的確定，4次可能錯(cuò) 1次。GSEA結(jié)果中，高亮顯示FDR<25%的富集set。因?yàn)閺倪@些功能gene中最可能產(chǎn)生有意義的假設(shè)，促進(jìn)進(jìn)一步研究。大多數(shù)情況下，選FDR<25%是合適的，但是，假如分析的芯片data set較少，選擇的是探針隨機(jī)組合而不是表型組合，若p不嚴(yán)格，那么應(yīng)該選FDR<5%。
一般而言，NES絕對值越大，F(xiàn)DR值就越小，說明富集程度高，結(jié)果可靠。

4 名義p值 nominal p-value

描述的是針對某一功能gene子集得到的富集得分的統(tǒng)計(jì)顯著性，顯然，p越小，富集性越好。

以上4個(gè)參數(shù)中，只有FDR進(jìn)行了功能gene子集大小和多重假設(shè)檢驗(yàn)矯正，而p值沒有，因此，如果結(jié)果中有一個(gè)高度富集的功能gene子集，而其有很小的名義p-value和大的FDR意味著富集并不顯著。

我的一個(gè)具體結(jié)果解讀：

92/681 gene sets are upregulated in PH
0 gene sets are significantly enriched at FDR<25%
1 gene sets are significantly enriched at n p-value <1%
1 gene sets are significantly enriched at n p-value <5%

在選擇的BP中，有681個(gè)gene sets，92個(gè)PH中上調(diào)，其中75%的正確率支持0條子集上調(diào)，1個(gè)BP的gene表達(dá)上調(diào)名義p值<0.01?？傮w結(jié)果并不理想。

備注

GSEA富集結(jié)果太少說明：

無gene set被富集。
可能是因?yàn)榉治龅臉颖咎伲P(guān)注的生物信息太微弱，或正在分析的功能集不能很好代表你所關(guān)心的生物過程，但仍然可以看下top ranked gene sets，這些信息可能會(huì)為你的假說提供微弱的證據(jù)。當(dāng)然也可以嘗試考慮分析其他gene sets，或增加samples

GSEA富集結(jié)果太多說明：

太多的功能子集被富集了。
可能是因?yàn)楹芏嗟膅ene sets代表同一生物信號，這可以在gene sets中查看leading edge sbusets來查看?；蛘咭部梢圆榭淳唧w區(qū)別進(jìn)行加工，比如samples來自不同labs，操作者不一樣等。