前言
zlx學(xué)習(xí)R分析數(shù)據(jù)，遇到問題，我這邊一起解決啊
R：R是用于統(tǒng)計(jì)分析、繪圖的語言和操作環(huán)境。R是屬于GNU系統(tǒng)的一個(gè)自由、免費(fèi)、源代碼開放的軟件，它是一個(gè)用于統(tǒng)計(jì)計(jì)算和統(tǒng)計(jì)制圖的優(yōu)秀工具。
Rstudio Server：通過在服務(wù)器安裝該軟件，可以在遠(yuǎn)端通過web訪問R語言執(zhí)行窗口、圖片實(shí)時(shí)預(yù)覽等功能的軟件
一、安裝R 4.0.4
參考：https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/ >?Download R for Linux?> ubuntu
即：https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/
安裝其他版本的：https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/bin/linux/ubuntu/olderreleasesREADME.html
更新apt索引
apt update -qq
安裝我們需要的兩個(gè)助手包
apt install -y --no-install-recommends software-properties-common dirmngr
-y：默認(rèn)確認(rèn)，這樣就不用再輸入Y進(jìn)一步確認(rèn)安裝了，yum安裝也是這樣
--no-install-recommends：無安裝建議，該參數(shù)用來來避免安裝非必須的文件，從而減小鏡像的體積
為這些回購導(dǎo)入簽名密鑰(由Michael Rutter)
apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
從CRAN中添加r4.0的倉庫——根據(jù)需要調(diào)整“focal”為“groovy”或“bionic”或“xenial”
add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu '$(lsb_release -sc)'-cran40/'
安裝其他版本R，主要就是修改這里就可以了
其實(shí)和?vim?/etc/apt/sources.list?然后手動添加一樣，但是這樣方便多了，官方的就是厲害啊
lsb_release -cs?可以訪問Ubuntu風(fēng)格：“ groovy”，“ focal”，“ bionic”，“xenial”…中的一種，就不用再自己去看了
再次更新索引，把新加入的倉庫更新下
apt update -qq
安裝R及其依賴項(xiàng)
apt install -y r-base
輸入R --version 查看R版本
二、安裝Rstudio Server?1.4.1106
安裝個(gè)gdebi，方便安裝Rstudio servcer的deb包
linux安裝可以直接看官網(wǎng)
sudo apt -y install gdebi-core
獲取Rstudio Server?1.4.1106的deb包
wget https://download2.rstudio.org/server/xenial/amd64/rstudio-server-1.4.1106-amd64.deb
這個(gè)下載下來就在當(dāng)前目錄了
使用gdbi安裝Rstudio Server?1.4.1106
sudo gdebi rstudio-server-1.4.1106-amd64.deb
安裝完直接啟動了，最后會有這樣的輸出，同樣也可以使用?rstudio-server status查看，可以用上下左右鍵查看一屏幕看不到內(nèi)容
若rstudio-server有報(bào)錯(cuò)信息，這里也可以看到
可以通過下面的某個(gè)命令執(zhí)行對rstudio-server的控制（啟動、停止、重啟等）
rstudio-server {status|start|stop|restart|test-config|verify-installation|suspend-session|suspend-all|force-suspend-session|force-suspend-all|kill-session|kill-all|offline|online|active-sessions|version}
rstudio server默認(rèn)的訪問端口是：8787
所以在瀏覽器訪問http://ip:8787，若出現(xiàn)
三、 增加訪問用戶
增加用戶ysy
useradd ysy
為用戶ysy設(shè)置密碼，會要求輸入兩遍密碼
passwd ysy
為用戶ysy創(chuàng)建單獨(dú)的目錄
sudo mkdir /home/ysy
為用戶ysy賦予創(chuàng)建目錄及子目錄的可寫權(quán)限
sudo chown -R ysy /home/ysy
這時(shí)候就可以用ysy及自己設(shè)置的密碼在rstudio-server的web端進(jìn)行登錄啦
四、其他包安裝注意
安裝monocle用下面的命令
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
? ? install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("monocle")
安裝monocle3，參考：https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/121717460
安裝XML沒有xml2-config，安裝下面的依賴后再次安裝XML
sudo apt-get install libxml2-dev
安裝Seurat包時(shí)，若出現(xiàn)無法安裝：“curl、openssl”，則先手動使用apt安裝下面的依賴
sudo apt install openssl libcurl4-openssl-dev libssl-dev
如果是yum則使用下面命令安裝：
sudo yum -y install openssl
centos8使用yum無法安裝rgeos，需要手動下載rpm包然后安裝，參考：https://centos.pkgs.org/8/epel-x86_64/geos-devel-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm.html
wget https://download-ib01.fedoraproject.org/pub/epel/8/Everything/x86_64/Packages/g/geos-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm
rpm -Uvh geos-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm
dnf install geos
wget https://download-ib01.fedoraproject.org/pub/epel/8/Everything/x86_64/Packages/g/geos-devel-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm
rpm -Uvh geos-devel-3.7.2-1.el8.x86_64.rpm
dnf install geos-devel
五、常見錯(cuò)誤：
5.1 Seurat DimPlot no png support in this version of R
原因：缺少png相關(guān)lib依賴
解決：安裝png相關(guān)依賴后，重裝R
參考鏈接：https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/14363308.html
5.1.1 安裝png相關(guān)依賴（順便把別的圖類型也裝了）
yum install?-y libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel pango-devel libpng-devel
5.1.2 重裝R
Centos8安裝命令如下：
cd /home/zlx/R-4.1.0/ # R安裝包所在目錄
make uninstall
./configure --prefix=/home/zlx/R/ --enable-R-shlib # 要安裝的目錄目錄，最好和之前的保持相同
make && make install
進(jìn)入R命令行界面后，使用capabilities()命令檢查支持的圖片格式，如下圖所示：
后記
期間使用源碼包的方式安裝R 4版本的，遇到問題太多，就放棄了
