很早之前就覺得用DNAMAN做的多重比對導(dǎo)出來的圖不是很好看了，而且后期還要進(jìn)行PS或者PPT進(jìn)行修飾。
因此，到網(wǎng)上去找了一些方法也做了一些嘗試。
參考了高老師的兩篇文章作為引入，后期的因為在Linux平臺做分析，所以就基于其思路進(jìn)行了Ubuntu平臺下的適配。
主要思路參考：
http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-692113.html
http://blog.sciencenet.cn/blog-460481-706083.html
首先通過多重序列比對軟件對序列進(jìn)行比對。
多重序列比對采用Mafft軟件。
安裝方式如下：
首先到Mafft的網(wǎng)站上下載Linux版本的Mafft安裝包
Ubuntu環(huán)境可以直接下載.deb后安裝
下載后安裝即可
cd ~/Download/
sudo dpkg -i mafft_7.307-1_amd64.deb?
然后進(jìn)行安裝后的驗證
which mafft
如果能夠輸出路徑即表示安裝好了
然后就進(jìn)行Mafft的多重序列比對。
下面以從從NCBI下載得到的某個植物MYB轉(zhuǎn)錄因子成員及其同源蛋白序列進(jìn)行分析
>NP_176057.1 production of anthocyanin pigment 1 [Arabidopsis thaliana]MEGSSKGLRKGAWTTEEDSLLRQCINKYGEGKWHQVPVRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPSIKRGKLSSDEVDLLLRLHRLLGNRWSLIAGRLPGRTANDVKNYWNTHLSKKHEPCCKIKMKKRDITPIPTTPALKNNVYKPRPRSFTVNNDCNHLNAPPKVDVNPPCLG
>XP_010511463.1 PREDICTED: transcription factor MYB114-like [Camelina sativa]MEGSSKGLTKGAWTAEEDSLLRQCIEKYGEGKWHQVPFRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPSIKKGRLNSDEVDLLIRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTANDVKNYWNTHLSKKYEPGCKTKMKKKNIISPPTTTTVQKVNVFKPRPRSFTVNKDCSHLNVLPEVDITPSSNGLSIDNVCEDSITSDKDDEKDDFLNILINEDDMWLENLLDDSQETDAVVPEATTNEQGATLAFDVEQLWSLFDGETVELD
>CDY58386.1 BnaA02g35530D [Brassica napus]MEGSPKGLRKGAWTAEEDSLLRQCIDKYGEGKWHQVPLRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPSIKKGKLSSDEVDRLLRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTANDVKNYWNTHLSKKHEPGCNTKMRKRNIPCSSTQPAQKNEVLKPRPRSFTVNNGCSHFNGQPKVDVIPLFLGVNNTNNVCENSITYKKDAEKYELVNNLMDGENMWWKSLLEESQEPDAIVPESTETEKLATSAFDVEQLWNLLDGETVELD
>OAP17920.1 PAP2 [Arabidopsis thaliana]MEGSSKGLRKGAWTAEEDSLLRLCIDKYGEGKWHQVPLRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPSIKRGRLSNDEVDLLLRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTANDVKNYWNTHLSKKHESSCCKSKMKKKNIISPPTTPVQKIGVFKPRPRSFSVNNGCSHLNGLPEVDLIPSCLGLKKNNVCENSITCNKDDEKDDFVNNLMNGDNMWLENLLEENQEADAIVPEATTAEHGATLAFDVEQLWSLFDGETVELD
>XP_018491141.1 PREDICTED: transcription factor MYB90-like [Raphanus sativus]MSLVCVYKVLQGFVKPLPINLSLILLRINFTIIELDTFNINLWSMEESSKGLTKGAWTTEEDSLLRRCIDKYGEGKWHQVPLRAGLNRCRKSCRLRWLNYLKPTIKRGKLNSDEVDLLLRLHKLLGNRWSLIAGRLPGRTANDIKNYWNTHLSKKHEPCKTKMKKRNITYPSTTPAQKNDVFKPRPRLFTVNNGYSHLRGLPEVDVVPPCLGLNNINNVCENSMTCNKGKAREKYELFSNLMNGENVWWESLLEESKQPDTLVPEGKETEKGATSAFDVEELWKMLDGETVELD
接下來，對這些序列用Mafft進(jìn)行多重序列比對
mafft --auto example.fa > example.fa.aln
--auto這個選項是讓軟件自動選擇參數(shù) 詳情可以參考mafft --hel
最后，通過Texshade對多重序列比對結(jié)果進(jìn)行可視化。
先編寫一個排版框架出來
\documentclass[15pt,a3paper]{report}
\usepackage{geometry}
\geometry{a4paper,left=0.2cm,right=0.2cm,top=1.5cm,bottom=0.1cm}
\usepackage{texshade}
\begin{document}
\begin{texshade}{/home/yeyuntian/Documents/nls.aln}
\shadingmode{T-coffe}
\setends{1}{0..361}
\showruler{1}{top}
\rulersteps{5}
\feature{top}{1}{7..15}{helix[Red]}{Alpha-helix1}
\feature{top}{1}{18..39}{helix[Red]}{Alpha-helix2}
\feature{top}{1}{58..63}{helix[Red]}{Alpha-helix3}
\feature{top}{1}{83..95}{helix[Red]}{Alpha-helix4}
\feature{top}{1}{105..116}{helix[Red]}{Alpha-helix5}
\feature{top}{1}{212..223}{helix[Red]}{Alpha-helix6}
\feature{bottom}{1}{5..47}{box[LimeGreen,LimeGreen]}{B-box domain}
\feature{bottom}{1}{53..97}{box[LimeGreen,LimeGreen]}{B-box domain}
\showsequencelogo{top}
\end{texshade}
\end{document}
簡書上顯示不了Tab的制表符空格，我截了一張圖過來。
可以看到，結(jié)果圖中可以標(biāo)注某些保守結(jié)構(gòu)域，可以標(biāo)注一些二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測結(jié)果，并且可以很清楚的看到一些保守殘基。
此外，本文中僅僅介紹了一些很簡單的注釋方式，還有更多的可視化模式可以在Texshade上使用。具體的詳情可以查看Texshade 的說明書：
http://mirrors.shu.edu.cn/CTAN/macros/latex/contrib/texshade/texshade.pdf
