使用minimap2將三代數(shù)據(jù)比對(duì)到基因組，再使用racon糾錯(cuò)。做3次。
一、軟件安裝
minimap2安裝：直接github上下載make安裝。
https://github.com/lh3/minimap2
racon使用conda install -c bioconda racon racon 安裝。
也可以直接安裝。
二、將fasta比對(duì)到基因組
先建立索引，在比對(duì)。
x ：非常中要的一個(gè)選項(xiàng)，軟件預(yù)測(cè)的一些值，針對(duì)不同的數(shù)據(jù)選擇不同的值
map-pb/map-ont: pb或者ont數(shù)據(jù)與參考序列比對(duì)；
ava-pb/ava-ont: 尋找pd數(shù)據(jù)或者ont數(shù)據(jù)之間的overlap關(guān)系；
asm5/asm10/asm20: 拼接結(jié)果與參考序列進(jìn)行比對(duì)，適合~0.1/1/5% 序列分歧度；
splice: 長(zhǎng)reads的切割比對(duì)
sr: 短reads比對(duì)
-d :創(chuàng)建索引文件名
-a ：指定輸出格式為sa格式，默認(rèn)為PAF
-Q ：sam文件中不輸出堿基質(zhì)量
-R ：reads Group信息，與bwa比對(duì)中的-R一致
-t：線程數(shù)，默認(rèn)為3
minimap2 -d ref1.mmi ../assemble/prefix.ctg.fa # indexing
minimap2 -ax map-pb -t 8 ref1.mmi ../data/pb.fasta.gz > map1.sam # aligment
三、使用racon糾錯(cuò)
racon -t 8 ../data/pb.fasta.gz map1.sam prefix.ctg.fa > prefix1.fa
polish做三次
#fist polish
minimap2 -d ref1.mmi ../assemble/prefix.ctg.fa
minimap2 -ax map-pb -t 8 ref1.mmi ../data/pb.fasta.gz > map1.sam
racon -t 8 ../data/pb.fasta.gz map1.sam ../assemble/prefix.ctg.fa > prefix1.fa
# second polish
minimap2 -d ref2.mmi prefix1.fa
minimap2 -ax map-pb -t 8 ref2.mmi ../data/pb.fasta.gz > map2.sam
racon -t 8 ../data/pb.fasta.gz map2.sam prefix1.fa > prefix2.fa
# third polish
minimap2 -d ref3.mmi prefix2.fa
minimap2 -ax map-pb -t 8 ref3.mmi ../data/pb.fasta.gz > map3.sam
racon -t 8 ../data/pb.fasta.gz map3.sam prefix2.fa > prefix3.fa
參考
https://github.com/lh3/minimap2
https://zhuanlan.zhihu.com/p/92701077?from_voters_page=true
https://blog.csdn.net/u012110870/article/details/82500726
