6-【FasTtree、RAxML-NG、IQtree】的安裝和使用（2021.3.16更新） - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)
復(fù)現(xiàn)文章中的基因進(jìn)化樹(shù)[MUSCLE+FastTree] - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)
使用Linux版的MEGA構(gòu)建某一基因家族的基因進(jìn)化樹(shù) - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)
megacc構(gòu)建進(jìn)化樹(shù).mao文件生成方法 - 組學(xué)大講堂問(wèn)答社區(qū) (omicsclass.com)

https://www.megasoftware.net/
下載后直接拖到文件夾中

tar -zxvf megacc_11.0.13_amd64.tar.gz#解壓縮
conda install fasttree

打開(kāi)megaWindows版本prototype，選擇比對(duì)后保存設(shè)置的mao文件

1713183106541.png

time megacc -a muscle_align_protein.mao -d 序列文件.fa -f Fasta -o Aligned.fasta
fasttree 比對(duì)文件 > 樹(shù)文件

建樹(shù)完成
注意：不能有重復(fù)的名稱，蛋白建樹(shù)默認(rèn)JTT+CAT模型，還可以用參數(shù)-wag或者-lg切換成LG+CAT或者WAG+CAT模型