2018-09-24 wes文獻(xiàn)閱讀4

Title:胃癌患者調(diào)節(jié)DNA重組修復(fù)的PALB2,BRCA1和RAD51C基因的種系突變

Journal: Gastroenterology
IF:20.773
Article history: accepted 2017 April
摘要:
10%胃癌有家族遺傳傾向,目前只發(fā)現(xiàn)
CDH1與胃癌風(fēng)險相關(guān),為了鑒別與胃癌風(fēng)險相關(guān)的基因,我們收集28個患者,遺傳性彌漫性胃癌但不伴有CDH1突變,進(jìn)行全外顯子測序分析。
結(jié)論:同源重組的缺陷增加了胃癌的風(fēng)險。

單詞:
  • mediates 介導(dǎo)
  • LOH loss of heterozygosity雜合性缺失
  • genetic basis 遺傳基礎(chǔ)
  • hereditary diffuse gastric cancer (HDGC)
  • 同源重組(英語:Homologous recombination)是遺傳重組的一種類型,指兩股具有相似序列的DNA的重新排列,使遺傳物質(zhì)發(fā)生交換。真核生物體內(nèi)的同源重組過程中發(fā)生于減數(shù)分裂時期,是染色體互換所造成的結(jié)果。除此之外,同源重組也能使遭受損害的染色體得以利用與自身相似,且未受傷害的另一條染色體,來進(jìn)行DNA修復(fù)作用。
My comment:這篇文章只有結(jié)論沒有討論,針對遺傳胃癌的人群進(jìn)行WES測序,發(fā)現(xiàn)了3個突變基因,并且分析者3個基因?qū)е铝薍R,而且HR導(dǎo)致了胃癌的發(fā)生,重要的是在遺傳的群體中驗證了,雖然樣本量比較小,但是針對3個基因的靶向測序樣本量比較大,并且證實了這三個基因的突變導(dǎo)致的HR促進(jìn)胃癌發(fā)生是遺傳相關(guān)而和環(huán)境引起的胃癌關(guān)系不大,我想主要是一系列推理在臨床證實了所以只做了wes影響因子也比較高。
Text:

Up to 10% of cases show familial clustering, suggesting a genetic basis
目的:找到新的胃癌相關(guān)基因
方法:WES-候選基因靶向分析-人群:independent HDGC and non-HDGC cases
WES發(fā)現(xiàn)3個候選突變

  • nonsense (p.Arg414Ter)
  • splice site (c.3201+1G>T) PALB2 mutations
  • nonsense RAD51C (p.Arg237Ter) mutation
    PALB2 and RAD51C 都是重要的homologous recombination同源重組基因, a major DNA repair pathway。
    作者收集28例患者的血樣做外顯子測序,然后對候選基因進(jìn)一步分析,在333 independent HDGC and non-HDGC 病例中,發(fā)現(xiàn)11個病例存在 PALB2, BRCA1, or RAD51C genes, 突變,而這些基因參與了基因的同源重組。
    這種突變在HDGC人群的發(fā)生率為6.5%,在散發(fā)性胃癌發(fā)生率為2.8%,這類患者的腫瘤發(fā)生與同源重組缺陷相關(guān)。
    結(jié)論:同源重組缺陷增加了胃癌的患病風(fēng)險。
    對PALB2 and RAD51C基因做靶向測序,這兩個基因和BRCA1/2 and CDH1有相互作用。
    殘基Pro918屬于PALB2 WD40結(jié)構(gòu)域,其介導(dǎo)與BRCA2,RAD51和RAD51C的相互作用,而Lys628-Cys630位于MRG15的結(jié)合結(jié)構(gòu)域,MRG15是轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子,其PALB2相互作用是同源定向DNA雙鏈斷裂修復(fù)指示所必需的。這兩種新突變的潛在致病性。
    也就是說:PALB2 突變的殘基本來是介導(dǎo)BRCA2,RAD51和RAD51C相互作用的,而MRG15結(jié)合域突變,導(dǎo)致不能與PALB2相互作用,MRG15與PALB2相互作用是DNA雙鏈斷裂修復(fù)所必須的,這樣就不能修復(fù)了。
    臨床病例發(fā)現(xiàn)有這些突變的患者大多數(shù)不吸煙也沒有幽門螺桿菌感染,說明,吸煙和幽門螺桿菌感染引起的胃癌和這幾個基因的突變關(guān)系不大。
    為了進(jìn)一步驗證,找到雜合性缺失的樣本
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