TRF軟件是基因組注釋中常用于檢測(cè)序列中串聯(lián)重復(fù)序列的軟件，無需安裝，使用簡(jiǎn)單方便。
1. 重復(fù)序列分為串聯(lián)重復(fù)序列和散在重復(fù)序列（轉(zhuǎn)座子）；
串聯(lián)重復(fù)序列又包含衛(wèi)星序列 >100bp；小衛(wèi)星序列 10bp < <100bp；微衛(wèi)星序列 <=10bp；軟件有TRF,RepeatMasker
轉(zhuǎn)座子包含反轉(zhuǎn)座子（復(fù)制粘貼）和DNA轉(zhuǎn)座子（復(fù)制粘貼，剪切）；反轉(zhuǎn)座子又包含LTR 長(zhǎng)末端重復(fù)序列；LINE 長(zhǎng)散在元件；SINE 短散在元件；
2. TRF安裝
trf下載地址：https://tandem.bu.edu/trf/trf409.linux64.download.html
mv trf409.linux64 trf
chmod a+x trf
3. 軟件運(yùn)行
命令格式：trf File Match Mismatch Delta PM PI Minscore MaxPeriod [options] （注：以上所有數(shù)字參數(shù)都為正數(shù)）
File： 輸入文件，fasta格式
Match：匹配權(quán)重
Mismatch：錯(cuò)配懲罰分值
Delta：插入缺失懲罰分值
PM：匹配概率
PI：插入的概率
Minscore：報(bào)告中比對(duì)的分值最小值，相當(dāng)于篩選閾值
MaxPeriod：重復(fù)片段長(zhǎng)度的最大值
options： -m 將重復(fù)序列屏蔽，即轉(zhuǎn)為N表示；-f 表示輸出重復(fù)序列兩邊各500bp堿基，主要用于PCR；-d 生成另外的總結(jié)文檔，用于后續(xù)腳本分析等；-h 壓縮html輸出，默認(rèn)會(huì)自動(dòng)加上-d參數(shù)；
一般設(shè)置參數(shù)為：trf sequence.fa 2 7 7 80 10 50 500 -m -f -d
4. 結(jié)果文件
除了會(huì)生成對(duì)應(yīng)的masked文件，就是將重復(fù)序列用N表示，還會(huì)生成dat文件，展示重復(fù)序列的詳細(xì)信息；masked文件可用于后續(xù)注釋軟件使用
此外還可參考http://www.chenlianfu.com/?p=1747
參考網(wǎng)址：http://tandem.bu.edu/trf/trf.unix.help.html
http://tandem.bu.edu/trf/trf.html
http://www.chenlianfu.com/?p=1747
http://tandem.bu.edu/trf/868y4Zg25ikZE.2.7.7.80.10.50.500.1.html
http://tandem.bu.edu/trf/trf.definitions.html#table
