Conda的安裝與使用

在服務(wù)器上使用Linux命令行安裝Conda（Conda可以理解類似于應(yīng)用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安裝軟件，或者在conda之外安裝），使用conda管理小環(huán)境和使用conda管理軟件，用conda來安裝和管理生信軟件以及環(huán)境比較方便。

• conda的安裝
• conda創(chuàng)建小環(huán)境
• conda創(chuàng)建的小環(huán)境里安裝軟件

CONDA的官方鏈接與簡介

https://docs.conda.io/en/latest/

Conda is an open source package management system and environment management system that runs on Windows, macOS and Linux. Conda quickly installs, runs and updates packages and their dependencies. Conda easily creates, saves, loads and switches between environments on your local computer. It was created for Python programs, but it can package and distribute software for any language.

幾種conda之間的關(guān)系

幾種conda之間的關(guān)系

The conda package and environment manager is included in all versions of [Anaconda]?, [Miniconda], and [Anaconda Repository]. Conda is also included in [Anaconda Enterprise], which provides on-site enterprise package and environment management for Python, R, Node.js, Java, and other application stacks. Conda is also available on [conda-forge], a community channel. You may also get conda on [PyPI], but that approach may not be as up to date.（https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/）

Conda包含miniconda和anaconda。miniconda比較簡單，只能在命令行中使用，anaconda比較強(qiáng)大，有一個界面化的軟件，但是占用系統(tǒng)空間比較大。現(xiàn)在使用Linux，用命令行操作的miniconda就可以了。

1.下載conda

國內(nèi)服務(wù)器需要選擇conda鏡像，通常國內(nèi)服務(wù)器選擇清華源、中科大、北京外國語鏡像，國外選擇官網(wǎng)，中科大的鏡像之前掛了，國內(nèi)可以搜索conda清華源鏡像。

以下網(wǎng)址最后有miniconda的使用幫助

https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/

找到miniconda的鏈接

miniconda版本的選擇

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/

找到最新的版本和復(fù)制鏈接

網(wǎng)頁上會顯示Miniconda2...和Miniconda3等新舊以及不同系統(tǒng)（Windows、Mca，Linux）對應(yīng)的版本。服務(wù)器用的Linux系統(tǒng)安裝，下載Linux版本對應(yīng)的miniconda，和自己的電腦系統(tǒng)沒有關(guān)系。找到最新版本的 Miniconda3-latest-Linux-X86_64.sh，點擊鼠標(biāo)右鍵-復(fù)制鏈接地址。

復(fù)制最新linux版本的鏈接

復(fù)制鏈接地址到服務(wù)器，用服務(wù)器下載Miniconda。

##wget 加網(wǎng)址，中間可以加-c參數(shù)，斷點續(xù)傳
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

用服務(wù)器下載miniconda

用的是服務(wù)器上的網(wǎng)絡(luò)，速度很快。

查看下載后的結(jié)果

2.安裝conda

安裝過程：注意路徑，用bash命令去安裝。

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

認(rèn)真看安裝過程提示信息，需要按Enter (回車鍵)或者輸入yes，（如果輸入yes時，不小心輸多了，就按control和退格鍵刪除）,

用bash激活安裝

（1）看到more就是按空格鍵翻頁查看協(xié)議，按q退出

在服務(wù)器安裝軟件查看協(xié)議

（2）接受協(xié)議，輸入yes

接受安裝協(xié)議

（3）默認(rèn)安裝路徑，按enter

安裝軟件默認(rèn)安裝路徑

（4）會詢問是否需要初始化，輸入yes

安裝需要初始化

（5）顯示安裝已完成的提示信息

安裝已經(jīng)完成的提示

激活剛安裝完成的軟件

一般安裝軟件完成后需要重啟，在Linux叫激活，有兩種方式，第一種是重新登錄服務(wù)器，第二種是輸入以下命令：

source ~/.bashrc
##比較常用

激活環(huán)境

3.檢查conda是否安裝成功

安裝一個軟件后，需要檢查軟件是否安裝成功，調(diào)用軟件的幫助文檔

conda --help
#調(diào)用出來說明安裝成功

能調(diào)用幫助文檔說明安裝成功

4.配置conda鏡像

選擇鏡像

使用conda是需要它去安裝其它軟件（如生信軟件），conda是默認(rèn)去自己的官網(wǎng)搜索，而我們使用的服務(wù)器是在國內(nèi)，conda的網(wǎng)在國外，從國內(nèi)的網(wǎng)絡(luò)去訪問國外的網(wǎng)絡(luò)就是特別的慢，所以需要配置鏡像，如配置清華的鏡像。

主要看自己的服務(wù)器在哪里，無論人在國外還是國內(nèi)，使用的服務(wù)器在國內(nèi)，就配置國內(nèi)鏡像。

# 下面這三行配置官網(wǎng)的channel地址
conda config --add channels r 
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda
##以上三句命令一次性復(fù)制粘貼或是單獨復(fù)制粘貼到服務(wù)器

配置

配置國內(nèi)訪問鏡像，國內(nèi)用戶推薦的鏡像，以下選清華或是北外的鏡像都可以，以下代碼塊里的（1）和（2）選其中一個配置鏡像，清華鏡像的訪問量很多，可以選北外鏡像。

#（1）下面這四行配置清華大學(xué)的conda的channel地址，國內(nèi)用戶推薦
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --set show_channel_urls yes
##配置清華鏡像，四句代碼一起復(fù)制粘貼到服務(wù)器

# （2）下面四行配置北京外國語大學(xué)的conda的channel地址
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes

設(shè)置國內(nèi)鏡像

查看配置鏡像結(jié)果

配置鏡像完成后會出現(xiàn)一個.condarc 文件，會在 ~/.condarc 文件中 寫入以下內(nèi)容

鏡像設(shè)置成功生成文件

cat ~/.condarc

conda設(shè)置

##關(guān)掉左上角的（base），運行以下兩行代碼
conda config --set auto_activate_base false
source ~/.bashrc
##不想關(guān)掉也沒有關(guān)系

每一行是一個頻道，含有free的頻道已經(jīng)沒有

檢查一個目錄下有多少人是安裝成功conda的命令：

ls -lh /trainee*/Jan*|grep miniconda

如果安裝conda失敗需要做些什么（成功安裝conda的，不需要操作）

##先刪除后安裝
##刪除：
rm -r miniconda/
ls -lha
rm -r .conda
##.condarc不要刪掉，是配置鏡像的，不管鏡像

#重新安裝
ls 
bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
##跟著之前的步驟安裝

5.安裝conda之后，創(chuàng)建小環(huán)境

創(chuàng)建小環(huán)境

-n指定小環(huán)境的名字 rna，并安裝 python=3 版本

安裝conda的目的是，通過安裝conda來安裝其它軟件，安裝其它軟件之前要構(gòu)建一個小環(huán)境，可以創(chuàng)建多個小環(huán)境。有時候，A軟件需要python=3和B軟件需要python=2，python=2和python=3不兼容，就沖突了，創(chuàng)建小環(huán)境可以解決這個問題，A有自己的小環(huán)境，B有自己的小環(huán)境。

# 創(chuàng)建名為rna的軟件環(huán)境來安裝轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析的生物信息學(xué)軟件
conda create -y -n  rna  python=3
#如果不加-y，中間會問需要繼續(xù)進(jìn)程嗎？
#linux一般會默認(rèn)安裝python最新版本，除非所處的環(huán)境不能安裝最新版本的。

# 創(chuàng)建小環(huán)境成功，并成功安裝python3版本
# 每建立一個小環(huán)境，安裝一個python=3的軟件作為依賴

# 查看當(dāng)前conda環(huán)境
conda info -e

# 每次運行前，激活創(chuàng)建的小環(huán)境rna
conda activate rna
##激活成功會出現(xiàn)一個小括號（小環(huán)境名字，rna）
# 退出小環(huán)境
conda deactivate

創(chuàng)建成功最后會出現(xiàn) 3 個 done

激活和退出小環(huán)境

激活與退出小環(huán)境、查看已經(jīng)創(chuàng)建過的小環(huán)境

conda activate rna
##激活小環(huán)境
conda deactivate 
##退出，后面不需要加小環(huán)境的名字

進(jìn)入和退出小環(huán)境的標(biāo)志

6.在小環(huán)境中安裝生信軟件

Conda下載安裝軟件指定版本，-y 參數(shù)的作用是忽略提示。

注：軟件都要安裝在小環(huán)境中，不要安裝在 base里**， 首先要用conda激活小環(huán)境。

##在小環(huán)境里安裝軟件
# 激活環(huán)境
conda activate rna
##安裝samtools
##conda install -y samtools
##安裝成功一般會出現(xiàn)三個done，
##有時候因為一些問題安裝不成功，去channel的搜索，有時候因為網(wǎng)絡(luò)的問題，下載的庫不完整，網(wǎng)絡(luò)問題很少出現(xiàn)，如果沒有安裝完，過一段時間，重新運行安裝代碼

# 安裝 fastqc 軟件
conda  install -y fastqc

# 調(diào)出幫助文檔
fastqc --help

# 可以指定軟件版本
conda install -y sra-tools
##可以指定安裝版本
##conda install -y sra-tools=2.10.7
##安裝完成返回3個done，如果有一個文件比較大，終止了，可以重新運行安裝命令

# aspera 
conda install -y aspera-cli -c  hcc 
ascp --help

# 可以一次安裝多個軟件
conda install -y trim-galore  hisat2  subread  multiqc  samtools  salmon  fastp
##作為新手，建議一個個軟件安裝，有時候軟件之間會出現(xiàn)沖突，conda不能解決軟件之間的沖突問題。

建議初學(xué)者安裝軟件，單個軟件安裝，如果批量安裝軟件，出現(xiàn)報錯，解決就比較麻煩。

下載安裝軟件：下載過程可能受網(wǎng)絡(luò)影響沒下載成功，如果出現(xiàn) 3 個 done，即表示下載完成。

安裝軟件完成的標(biāo)志-3個done

檢查：通過調(diào)用軟件的幫助文檔來經(jīng)常是否下載成功。如果失敗， 重新下載即可。通過調(diào)用軟件的幫助文檔來檢查軟件是否可以使用。

fastqc --help調(diào)出來，說明安裝成功

并不是每個軟件都是用”軟件名--help“來調(diào)用的。samtools 是生信分析中最強(qiáng)大的一個軟件，后面的分析可能就會用到幾個常用的參數(shù)

7.特殊情況

不在channel里的軟件，如何確定頻道，后面講怎么搜索頻道

conda install -y aspera-cli -c  hcc 
##-c hcc，-c是指定它在hcc頻道，就是指定安裝的頻道
##調(diào)用幫助文檔，不是軟件的名字，如下
ascp --help
#有時候一個軟件是一個工具集，它下面有很多工具，每個工具都有不同的名字，就調(diào)某個具體工具的名字，而不是調(diào)用軟件的名字。

#samtools，fastqc剛好有一個軟件名和它的命令是一樣的。

####第二個特殊情況
#  trim-galore
trim_galore --help
##注意中間連線的不同，這是某個作者開發(fā)的，可能作者覺得好玩，就這么弄不一致。

我們用的工具都是先人開發(fā)好的，知道怎么用就行，感興趣自行探索。

## 不是通過軟件名來調(diào)用幫助文檔，而是軟件的命令
# sra-tools
prefetch --help
fastq-dump --help
which prefetch

#  trim-galore
trim_galore --help

# hisat2
hisat2 -h

# subread
featureCounts

# multiqc
multiqc --help

# samtools
samtools
which samtools

# salmon
salmon

# fastp
fastp --help

8.conda其他用法

• 更新軟件：conda update 軟件名
• 卸載軟件：conda remove 軟件名
• 刪除環(huán)境：conda remove -n 環(huán)境名
• 克隆環(huán)境：conda create –n 新環(huán)境名 –clone 舊環(huán)境名

（克隆就是備用的，如果發(fā)現(xiàn)新的好用的環(huán)境）

• 查找軟件：conda search 軟件名

（查找用得最多）

注意：以上的操作要在小環(huán)境里

• 查找軟件常用的鏈接：

https://bioconda.github.io/

https://anaconda.org/search

網(wǎng)頁搜索軟件

##我們認(rèn)知的軟件名（通過文獻(xiàn)或是公眾號）和conda給的名字不一樣，先搜索，如下的軟件
trim_galore -> trim-galore
       vep  -> ensembl-vep
sratoolkit  -> sra-tools

bioconda是一個頻道，里面是有與生信相關(guān)的軟件?？纯碽ioconductor與生信相關(guān)的R包。

• 查看已安裝的軟件:

? conda list
? conda list fast*
(比如很早就安裝某個軟件，如果只想起四個字母，用通配符的去查找)
? conda list –n rna

• 清空緩存:

清除掉下載了但是沒有用到的包，清除掉index，清空緩存結(jié)合報錯一起使用

? conda clean -i
? conda clean -a
? conda clean –p
? conda clean –t

• 常見報錯及解決方法1:

CondaHTTPerror

小郭老師課件圖

因為網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致的，重新下載一份，或是重新運行命令，或是過一段時間之后安裝就可以。但是有時候試了都不行，可能之前下載到一半，重新下載識別之前的一般，這時考慮清除緩存。

conda clean 清空環(huán)境中的緩存等

有時候遇到一些奇怪的報錯，可以嘗試下面的辦法（沒有理由的嘗試，小郭老師多次探索）：

把 ~/.condarc 中的 https 改成 http

修改網(wǎng)絡(luò)傳輸協(xié)議，比如，你使用的那臺服務(wù)器在某個時間段不允許訪問清華鏡像。很奇怪，是經(jīng)過探索出來的（小郭老師）。

• 常見報錯及解決方法2：

一直在 Solving environment?

小郭老師課件圖

網(wǎng)絡(luò)較差，換個時間試試
可以conda clean 清空環(huán)境中的緩存等

或是把 ~/.condarc 中的 https 改成 http

多嘗試多探索。

9.mamba

mamba是非常強(qiáng)大的一個工具，是conda的升級版

mamba作用：

提高 conda 安裝軟件的速度，需要在 base 環(huán)境中安裝 mamba ，激活小環(huán)境后 conda activate rna，使用 mamba 代替 conda 進(jìn)行搜索、安裝軟件等。

conda deactivate
##不要在小換環(huán)境下安裝mamba，mamba是唯一一個特殊的軟件，不需要安裝在小環(huán)境里，其它的要安裝在小環(huán)境里。
conda install -y mamba
##記得加-y參數(shù)，
mamba install -y bowtie2
##安裝成功
which bowtie2
##查找軟件所在的位置

注意：很少用到mamba，一般用conda安裝不行，再用mamba試一下

mamba的安裝軟件

安裝完成的標(biāo)志：3個done

軟件安裝完成的標(biāo)志-done

10.查看conda里環(huán)境

conda info -e
##查看環(huán)境

查看環(huán)境以及當(dāng)前所處的環(huán)境

說明

以上內(nèi)容是聽生信技能樹小郭老師授課內(nèi)容以及參考課件。