【影像組學從0單排】如何處理shape長度大于3的圖像

處理大量醫(yī)學影像的時候,可能會夾雜一些非CT或者MRI的影像,從而導致批量的循環(huán)報錯,比如在一堆CT中摻雜了一個重建圖像:


重建

通過讀取文件的header可以看到nii的shape是長度為5的數(shù)組:

print(nii_image.shape)
(512, 512, 8, 1, 3)

這是提示nii圖像一共由8張重建圖像組成,每張的shape是(512,512,1,3),其中的1是指圖像的深度,3是指通道數(shù)。這里可以直接簡單地去掉深度通道從而生成縮略圖

if len(nii_image.shape)==5:
    slides = nii_image.shape[2]//2
    thumbnail = nii_image[:,:,slides,0,:]
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