10x

錯誤信息

最近處理10x數(shù)據(jù)，需要把已有的亞群合并，然后繪制目標(biāo)基因的熱圖~
樸實~ 無華~ 枯燥~
處理完成之后，需要調(diào)整亞群繪制順序，基因的順序
OK~ 我改~

one moment later......

“怎么這幾張圖的標(biāo)度范圍不一樣？看起來不統(tǒng)一”
我改~ 也就是一個修改刻度~
然后~ 然后我就后悔了~

漫漫Debug路

第一次嘗試

Seurat包里面熱圖，用的是ggplot2繪制的，一般處理這種問題，只要
獲取對象后重新指定一下數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化的范圍就好，搞一下配色什么的就完
事

p <- p + scale_fill_gradientn(limits=c(-2,2),          
                              breaks =c(-2,0,2),
                              colours = PurpleAndYellow(),
                              na.value = "white") +
     WhiteBackground()

本以為這樣就結(jié)束，打開結(jié)果一看？喵喵喵~ 什么鬼，那一條條的白線是個
什么玩意兒？

對比前后的結(jié)果，這些白色的部分在原始的圖形中都被當(dāng)作最大值處理（其
實是缺失值）。

沒問題~ 缺失值替換為黃色就好

第二次處理

p <- p + scale_fill_gradientn(limits=c(-2,2),        
                              breaks =c(-2,-1,0,1,2),     
                              colours = PurpleAndYellow(),
                              na.value = "yellow") +
     WhiteBackground()

納尼~ 那些組間的分隔怎么也變成了屎黃色？看來這樣不對~

第三次處理

查看圖形對象中那些缺失的數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)（原本是會有一些細(xì)胞也為缺失的，但我更新之后的ggplot對象沒法重復(fù)之前的結(jié)果，不記得之前ggplot2是哪個版本了）

p$data %>% filter(is.na(Expression))

#   Feature                 Cell Expression    Identity
# 1    Rbp7 hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 2  Sema3g hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 3 Gpihbp1 hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 4   Plpp1 hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 5   Ly6c1 hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts
# 6    Emcn hrspdmjykfoinzbwqvtc         NA Fibroblasts

這些奇怪名字的細(xì)胞就是用來生成那些組間分割的占位信息，在使用
na.value = "yellow" 時，把這些占位信息也給修改了，于是就有
了圖中的屎黃色分割，處理方法也簡單，只將那些正常細(xì)胞名稱的表
達量由NA替換為我們的最大值即可~ 隨后在scale_fill_gradientn中
將NA替換為白色即可~

第四次處理

本來經(jīng)過前面的處理，應(yīng)該已經(jīng)可以正常將熱圖的標(biāo)度修改為指定的
范圍~
But~
當(dāng)我重新運行腳本時卻出現(xiàn)了如下的報錯：

Error in data.frame(group = sort(x = group.use), x = x.divs) :
  arguments imply differing number of rows: 2055, 0
Calls: PlotHeatmapPlot -> DoHeatmap -> data.frame
Execution halted

我原來正常的腳本都跑不了了_{這又是什么鬼}明明之前還好好的能夠正常運行~
谷歌之~
Error in DoHeatmap – no labelling of identities above colourbar possible
看來是版本問題~
看一下自己環(huán)境里的r包，有人升級了ggplot2到3.3.3。
我也沒有記錄之前的ggplot2版本，之前的工作算是白做了~
看了一下Seurat的更新記錄，最新的版本已經(jīng)到了4.x.x，但所用對象使用的是3.1.1，所以找一個比較近的版本：

3.1.4

3.1.1

3.1.4

p$data[!is.na(p$data$Expression) & (p$data$Expression > 2),]$Expression <- 2
p$data[!is.na(p$data$Expression) & (p$data$Expression < -2),]$Expression <- -2

final

剩下的調(diào)整一下theme就好了